Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 BCAT2-203ENST00000545387 1272 ntTSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 LINC00592-202ENST00000640420 768 ntTSL 5 BASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 MYRIP-204ENST00000444716 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 AC215219.1-201ENST00000400706 1817 ntBASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 BCL2-201ENST00000333681 3209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 GNPDA1-204ENST00000503794 2622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 LINC00865-202ENST00000448963 4272 ntTSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.33
SCN1BQ07699 NF1-204ENST00000431387 2889 ntTSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 MAGEA4-202ENST00000360243 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 MAGEA4-203ENST00000370335 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 MAGEA4-204ENST00000370340 1773 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.96□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 CARHSP1-217ENST00000611932 2833 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.96□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 TMEM26-202ENST00000399298 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 SCOC-210ENST00000608372 5129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 POC5-202ENST00000428202 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 RANBP17-219ENST00000523189 4588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 SPG11-202ENST00000427534 6935 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 SYNPR-209ENST00000478300 2709 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 RIOK3-203ENST00000577501 1904 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 USP19-206ENST00000417901 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.96□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 TRIM45-202ENST00000369461 2415 ntTSL 5 BASIC12.96□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 GNAI2-203ENST00000422163 2407 ntTSL 2 BASIC12.96□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 FAM83A-201ENST00000276699 1858 ntTSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 PCDHGA5-201ENST00000518069 4602 ntTSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 AC127496.1-201ENST00000576234 3133 ntTSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 RPP30-202ENST00000371703 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 THY1-206ENST00000528522 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 AL022323.5-201ENST00000624101 2059 ntBASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 SUN2-201ENST00000405018 4022 ntTSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 TSPAN31-201ENST00000257910 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 LIX1L-201ENST00000604000 3975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 TRIT1-214ENST00000537440 2026 ntTSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 PEX1-201ENST00000248633 4385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 DDX54-201ENST00000306014 4377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 AC136604.1-202ENST00000425471 771 ntBASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 INO80C-210ENST00000590757 595 ntTSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 ZNF683-205ENST00000436292 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 AOC1-204ENST00000467291 2857 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 TRPM2-201ENST00000300481 5627 ntTSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 FOSB-212ENST00000592811 3089 ntTSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 TRPM5-202ENST00000528453 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 GRIA4-201ENST00000282499 5508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 BRPF3-201ENST00000339717 4820 ntTSL 5 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 C5orf56-206ENST00000612967 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 DUOX2-201ENST00000389039 6533 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 ZBTB42-201ENST00000342537 3800 ntAPPRIS P1 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 GLRX3-202ENST00000368644 3827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 ZFAND3-201ENST00000287218 3366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 TRABD2B-202ENST00000606738 7034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 C10orf88-204ENST00000481909 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 GUCY1B3-205ENST00000505764 2456 ntTSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 COPS7B-223ENST00000611614 2468 ntTSL 3 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 YWHAE-208ENST00000571732 1818 ntTSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 TRIT1-202ENST00000372818 2034 ntTSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 FAM224A-201ENST00000419557 2031 ntTSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 MAP2K3-214ENST00000613338 2029 ntTSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 SPTBN2-210ENST00000611817 2890 ntTSL 2 BASIC12.95□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 TECTA-201ENST00000264037 6468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 ADAM12-202ENST00000368679 7938 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 RFFL-201ENST00000315249 7293 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 BDH1-202ENST00000392378 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.34
SCN1BQ07699 MAP4-204ENST00000395734 5590 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.7 ms