Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 BAP1-211ENST00000615113 489 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CUX1P39880 MEP1AP1-201ENST00000636082 1097 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CUX1P39880 KREMEN1-201ENST00000327813 2719 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CUX1P39880 GPN3-203ENST00000543199 1604 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 FCRL6-201ENST00000321935 1997 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 ZNF576-203ENST00000525771 2327 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 CPN2-202ENST00000429275 2008 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 OR2A25-202ENST00000641441 1733 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 AC024075.2-201ENST00000598112 1473 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 PKM-220ENST00000568459 1806 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 PRNP-201ENST00000379440 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 ACOT6-201ENST00000381139 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 AC006328.1-201ENST00000437571 379 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 AC010900.1-201ENST00000449849 1296 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 RHOQP2-201ENST00000449922 579 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 AC099328.1-201ENST00000498809 1030 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 AC093700.1-201ENST00000503348 717 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 AC233724.9-201ENST00000511694 407 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 OR4A49P-201ENST00000527050 632 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 AC090617.4-201ENST00000572404 422 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 SRRM2-AS1-204ENST00000573802 818 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 RN7SL134P-201ENST00000579756 303 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 KRTAP10-4-202ENST00000616689 597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 CRABP2-204ENST00000621784 1033 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 GPNMB-203ENST00000409458 1673 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 HNF4A-206ENST00000457232 1339 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CUX1P39880 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AKR1B1-201ENST00000285930 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SAP18-201ENST00000382533 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 UBBP4-202ENST00000584755 1459 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 ABLIM2-215ENST00000545242 1972 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SPIN3-245ENST00000640768 1722 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 HSD3BP1-201ENST00000286193 1111 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 MIR611-201ENST00000384869 67 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AHCYP3-201ENST00000420053 1279 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 CD37-203ENST00000426897 1204 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 DPY19L2P4-201ENST00000479881 442 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AC104590.1-201ENST00000560813 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 ADH1B-207ENST00000639454 1210 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 GATB-201ENST00000263985 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 DAO-208ENST00000551281 1345 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 CHRNA1-205ENST00000409542 1460 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 LILRB3-201ENST00000245620 2066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 RNF121-211ENST00000530137 2202 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CUX1P39880 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 ZNF570-202ENST00000586475 1985 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AIFM1-203ENST00000346424 1200 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AL359649.1-202ENST00000375713 443 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 CASP8-206ENST00000392258 1060 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 LAMTOR4-202ENST00000441173 730 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 PRR34-AS1-203ENST00000451166 877 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 ATP6V0E2-AS1-201ENST00000461019 2973 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 MARK2P17-201ENST00000498560 841 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 CDK7-211ENST00000514676 1164 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 LY6E-215ENST00000523847 427 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SLC13A2-205ENST00000545060 1276 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AC005786.2-201ENST00000592368 369 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AC009041.4-201ENST00000620075 638 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 UBE2V1-224ENST00000625172 2297 ntTSL 4 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 KRT8P42-201ENST00000405771 1399 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 PDHB-210ENST00000485460 1397 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 GSTM4-204ENST00000369836 1412 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 NAAA-203ENST00000505594 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 C14orf79-205ENST00000549240 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 LINC00675-202ENST00000581851 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 PTN-202ENST00000393083 1599 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 RNF123-203ENST00000433785 1555 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 CLUAP1-201ENST00000341633 1643 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SNX19-213ENST00000534726 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 C1orf43-206ENST00000368521 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 SPIRE1-201ENST00000309836 1877 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 UBXN11-206ENST00000374222 2043 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 LINC02396-202ENST00000550636 2324 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CUX1P39880 DCAF13-209ENST00000616836 2639 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 DPPA5-201ENST00000370370 679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 HNRNPA3P12-201ENST00000437410 1063 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 UBE2D3-221ENST00000507845 577 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AP000640.1-201ENST00000525337 879 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 AL136295.3-201ENST00000558325 850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 ZFP1-207ENST00000567481 493 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 IFITM2-205ENST00000602569 605 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 PAX6-237ENST00000638696 1203 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CUX1P39880 TAGLN3-205ENST00000478951 1301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.7 ms