Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 PIK3CG-201ENST00000359195 5377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CYP51A1P3-201ENST00000400072 1428 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MCM3AP-AS1-203ENST00000421927 2280 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MLST8-201ENST00000301724 1735 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ARC-201ENST00000356613 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PIGT-202ENST00000279036 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PRSS8-201ENST00000317508 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 FAM114A2-215ENST00000522858 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SCLT1-209ENST00000511426 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 DEF8-210ENST00000563594 4450 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 UBE4B-201ENST00000253251 4772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SLC32A1-201ENST00000217420 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ADORA1-201ENST00000309502 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PIGL-201ENST00000225609 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 HFE-203ENST00000336625 804 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 BANF1P3-201ENST00000412556 261 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AL606489.1-201ENST00000443515 486 ntTSL 3 BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 NAGK-204ENST00000443872 878 ntTSL 3 BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ZNF529-AS1-201ENST00000448373 1004 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ANP32A-210ENST00000560303 724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC010531.4-203ENST00000561709 660 ntTSL 3 BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC092139.2-201ENST00000563750 754 ntTSL 3 BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AQP8-202ENST00000566125 1276 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC007881.3-201ENST00000608897 607 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MBD3L2B-201ENST00000636986 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MIR762HG-203ENST00000570025 1429 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 C17orf80-203ENST00000359042 3645 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CCDC51-201ENST00000395694 1560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SAFB-202ENST00000454510 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SLC4A9-203ENST00000506545 2838 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 KDM5B-202ENST00000367264 6449 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PMS1-221ENST00000624204 3417 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 GPR137C-201ENST00000321662 3888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PHF24-201ENST00000242315 5718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SCYL1-201ENST00000270176 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 C21orf58-204ENST00000397682 2941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 GPSM1-202ENST00000354753 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 MAP3K4-201ENST00000348824 5295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 TSEN2-205ENST00000444864 2697 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 NAA60-229ENST00000575076 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 NTM-205ENST00000425719 1607 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 TCHH-201ENST00000368804 6900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 RASGEF1A-204ENST00000395810 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 OR2V1-205ENST00000642036 2609 ntAPPRIS P1 BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PDE4D-203ENST00000340635 8232 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 LINC00665-203ENST00000438368 1863 ntTSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AC011899.2-202ENST00000438047 4302 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 ANKRD44-203ENST00000409153 2724 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 CYP4F23P-201ENST00000593402 1579 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 KCTD1-207ENST00000580059 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AC211486.1-201ENST00000275590 980 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 HIST1H1B-201ENST00000331442 681 ntAPPRIS P1 BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 Metazoa_SRP.6-201ENST00000366384 298 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
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USP39Q53GS9 IGHV3-49-201ENST00000390625 439 ntAPPRIS P1 BASIC14.7□□□□□ -0.06
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USP39Q53GS9 TSPY25P-201ENST00000429463 745 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AL627422.1-201ENST00000434104 580 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 LINC00466-203ENST00000436475 1059 ntTSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 XBP1P1-201ENST00000436573 652 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 TREX1-202ENST00000444177 1200 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
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USP39Q53GS9 GCOM2-201ENST00000509133 1104 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AC105362.1-201ENST00000511234 564 ntTSL 3 BASIC14.7□□□□□ -0.06
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USP39Q53GS9 TMEM223-202ENST00000525631 736 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
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USP39Q53GS9 FAM227B-210ENST00000560246 911 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.7□□□□□ -0.06
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USP39Q53GS9 AC061992.1-201ENST00000592569 777 ntTSL 3 BASIC14.7□□□□□ -0.06
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USP39Q53GS9 ZNF772-207ENST00000601768 482 ntTSL 3 BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 MEG3_2.1-201ENST00000611456 105 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PRSS45-202ENST00000620911 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PRKAB1-210ENST00000630317 258 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 ZNF586-202ENST00000396150 1977 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 ADAM33-206ENST00000617732 1971 ntTSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 SBF1-202ENST00000380817 8008 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 USP19-205ENST00000398898 4474 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 TRAK1-203ENST00000396175 5033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 SHISA9-201ENST00000423335 4043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 HOXC12-201ENST00000243103 3335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 MYH7-201ENST00000355349 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 FGD2-201ENST00000274963 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 RANBP1-208ENST00000430524 1389 ntTSL 3 BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 SH3PXD2B-203ENST00000519643 1394 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 GGT1-201ENST00000248923 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 MPPED2-202ENST00000448418 5591 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 HOXB4-201ENST00000332503 3757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 SRSF5-203ENST00000553521 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PXN-221ENST00000637617 3246 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 FBN3-205ENST00000600128 9362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 ASIC4-201ENST00000347842 2684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
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