Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 EIF4G3-204ENST00000374935 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PRR23C-201ENST00000413199 2791 ntAPPRIS P1 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 C19orf57-201ENST00000346736 2489 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 UCN2-201ENST00000273610 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 GOSR2-203ENST00000415811 2171 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PCNX1-202ENST00000439984 6988 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TPGS2-201ENST00000334295 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AGRN-201ENST00000379370 7323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SPATA7-203ENST00000393545 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 HTR3E-202ENST00000415389 2139 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 C22orf34-201ENST00000343999 2816 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 WASH2P-202ENST00000538033 2800 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SLC34A1-201ENST00000324417 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 EXOC6B-209ENST00000634650 2583 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TUBB4B-201ENST00000340384 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 XKR5-201ENST00000618742 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TIFA-201ENST00000361717 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TRAPPC8-210ENST00000582513 3205 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 HDAC11-201ENST00000295757 2960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 HM13-201ENST00000335574 1809 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 RHD-202ENST00000342055 1557 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 HOXA-AS2-202ENST00000517635 2455 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 DEF8-219ENST00000567874 1554 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ABTB2-201ENST00000435224 4902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ARHGAP4-202ENST00000370016 3095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TNFSF13-201ENST00000338784 1971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CSRP1-201ENST00000340006 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PDE9A-208ENST00000398225 1963 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 OARD1-203ENST00000463088 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 UBTF-201ENST00000302904 4997 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 FBXO46-201ENST00000317683 3001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC025271.4-201ENST00000621477 1726 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ADAR-202ENST00000368474 6625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TMSB10-201ENST00000233143 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PON3-201ENST00000265627 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 LAIR2-201ENST00000301202 699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 HDDC2-202ENST00000398153 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 HSPB7-203ENST00000406363 648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SLC13A3-205ENST00000417157 876 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PFN2-202ENST00000423691 911 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AL356056.1-201ENST00000437899 369 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SOX9-AS1-207ENST00000446332 443 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CHCHD2P9-201ENST00000461726 456 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 KLF3-AS1-204ENST00000505240 567 ntTSL 4 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 RBM4B-202ENST00000524637 867 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PHBP15-201ENST00000574228 665 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC137723.1-201ENST00000584705 709 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SNRPD2-206ENST00000588301 702 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PARD6G-AS1-205ENST00000589574 647 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC111170.1-201ENST00000591110 1132 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 RNASEK-210ENST00000593646 566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 KLF3-AS1-207ENST00000620339 558 ntTSL 4 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 LINC02395-201ENST00000546821 3157 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 LDLR-202ENST00000455727 2333 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 BCAR1-204ENST00000418647 3387 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TOM1L2-205ENST00000478943 2098 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 VWCE-205ENST00000535710 1437 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 P2RX3-201ENST00000263314 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AGPAT1-201ENST00000336984 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ELF2-202ENST00000379549 3005 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CCNY-201ENST00000265375 4768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 E2F6-212ENST00000546212 3191 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC025674.2-201ENST00000522622 2971 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC015909.3-201ENST00000572855 1794 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ZFP36-203ENST00000597629 1786 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
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USP39Q53GS9 PLIN4-202ENST00000633942 6484 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 HAP1-204ENST00000393939 5683 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 FAM46C-201ENST00000369448 5751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
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USP39Q53GS9 STIP1-207ENST00000538945 1900 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SERF2-201ENST00000249786 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MAP2K6-205ENST00000589647 1512 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC245052.4-201ENST00000452097 4158 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CCDC116-201ENST00000292779 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 TAF1C-216ENST00000566732 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 OSMR-201ENST00000274276 5539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CRYBG1-204ENST00000633556 9909 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 PAK1IP1-201ENST00000379568 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 ATP5H-201ENST00000301587 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 GAD1-201ENST00000344257 1029 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CXCL12-202ENST00000374426 470 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CIDEC-202ENST00000383817 1199 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 IGHV3-48-201ENST00000390624 432 ntAPPRIS P1 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AMPD3-203ENST00000396554 3806 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 SAPCD2-201ENST00000409687 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AL645933.1-201ENST00000440087 609 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC010973.2-201ENST00000485974 1230 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC092535.3-201ENST00000504969 468 ntTSL 3 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AL845331.2-201ENST00000561882 1044 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC005726.2-204ENST00000577790 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 MIR4649-201ENST00000582839 64 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 HPN-206ENST00000597419 1212 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 GMFG-209ENST00000600322 622 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CR589904.1-202ENST00000611154 660 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AC024941.2-201ENST00000625763 493 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 CYP1B1-AS1-221ENST00000627172 995 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
USP39Q53GS9 AL669918.1-201ENST00000452392 2705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
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