Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 PCDHA5-201ENST00000529619 4157 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 SEMA3F-202ENST00000413852 3212 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 GRWD1-201ENST00000253237 5571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 SLC9B1-201ENST00000296422 1879 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 RGMB-201ENST00000308234 4580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 TNF-208ENST00000449264 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 MED14-201ENST00000324817 7984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AC015712.6-201ENST00000431060 5068 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AMIGO2-201ENST00000266581 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 ACAP2-201ENST00000326793 7160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 FOXL1-201ENST00000320241 3655 ntAPPRIS P1 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 GDPGP1-202ENST00000558017 5323 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 ZBTB7B-202ENST00000368426 3594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 NTNG1-208ENST00000370074 3048 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 UGT3A2-201ENST00000282507 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 RFPL4A-201ENST00000434937 1035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 CHMP1AP1-201ENST00000445563 662 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AC090142.2-201ENST00000483263 416 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 IGHVIII-5-2-201ENST00000522505 261 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 VASH1-AS1-201ENST00000554058 871 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 C1QTNF1-AS1-202ENST00000581579 865 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 SLC9A3-AS1-206ENST00000607005 435 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 STIP1-203ENST00000358794 2743 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 ZBTB17-202ENST00000375743 2745 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 ASB3-202ENST00000394717 1734 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 RRAGB-202ENST00000374941 2061 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 NFATC1-218ENST00000592223 2531 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 CNNM2-203ENST00000433628 3857 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 TBC1D22A-201ENST00000337137 3787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 UBE3B-212ENST00000540230 1541 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AC244021.1-201ENST00000417218 3662 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 SEZ6-201ENST00000317338 4471 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 POLL-206ENST00000370172 2308 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD36BP2-202ENST00000421951 1899 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 EPN2-210ENST00000571254 1883 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 STYXL1-201ENST00000248600 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 BIN3-205ENST00000519513 1431 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 NUBPL-201ENST00000281081 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AC036214.1-201ENST00000502766 2126 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 ALPL-207ENST00000540617 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AL109910.1-201ENST00000452071 1330 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 USP3-204ENST00000540797 5474 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 CAMKV-202ENST00000463537 2818 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 FGF12-207ENST00000454309 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 DIAPH2-202ENST00000355827 3782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 UBXN11-202ENST00000357089 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 TMBIM4-202ENST00000358230 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 SIRT2-202ENST00000358931 1912 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 CDK3-201ENST00000425876 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 GTF2A1L-203ENST00000430487 1575 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 CDK3-202ENST00000448471 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 TOP3B-201ENST00000357179 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 FAM149A-203ENST00000389354 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 KDM5C-208ENST00000452825 6096 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 KCNT1-209ENST00000490355 3708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 GK-204ENST00000378945 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 NPR1-202ENST00000368680 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 ARHGAP27-203ENST00000428638 4242 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 SIRT5-203ENST00000379262 2339 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 SMYD5-202ENST00000389501 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 TGIF2-202ENST00000373874 3432 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 BCAR1-205ENST00000420641 2725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AC020915.4-201ENST00000597230 2708 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 TNFAIP8L2-201ENST00000368910 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 MRPL23-204ENST00000397297 613 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 NREP-204ENST00000419114 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AL354893.2-201ENST00000423075 529 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 RAB34-210ENST00000436730 863 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AHRR-211ENST00000515206 462 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 ERICH5-202ENST00000545282 596 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 C19orf38-203ENST00000592854 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 KLK3-207ENST00000595952 969 ntTSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AC239798.4-201ENST00000609879 700 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AL160412.1-202ENST00000616819 663 ntTSL 4 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 KAT8-201ENST00000219797 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 LINC01671-201ENST00000419628 1775 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 SRPX-205ENST00000538295 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 CFAP157-206ENST00000614677 1796 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 ALDH1A3-202ENST00000346623 3104 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 AL022313.4-201ENST00000562756 2046 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 GRID2IP-203ENST00000457091 3636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
HIF3AQ9Y2N7 FAM90A1-203ENST00000538603 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
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