Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 BPI-201ENST00000262865 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC011462.1-202ENST00000540732 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 SPACA9-203ENST00000372136 2536 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 HSPA8P5-201ENST00000456928 2069 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 CASP8-202ENST00000264275 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 LDHA-203ENST00000379412 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 LRCH1-202ENST00000389797 3314 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 DMC1-207ENST00000616615 1595 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 IL18BP-206ENST00000393707 1037 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 TMEM222-203ENST00000464813 1071 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC147876.1-201ENST00000504408 322 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC004923.3-201ENST00000527532 355 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AP003040.1-201ENST00000532044 1024 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC105133.1-201ENST00000559749 742 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 CSTP2-201ENST00000610599 398 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 ENO2-211ENST00000541477 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CUX1P39880 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 ZNF683-201ENST00000349618 1610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 HMGCS2-201ENST00000369406 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 FGGY-204ENST00000371218 2052 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 ECHDC1-220ENST00000528402 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC046130.1-201ENST00000501954 2179 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC004922.1-201ENST00000638617 2430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 RIDA-201ENST00000254878 1057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC041040.1-201ENST00000425197 460 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 TRAPPC4-202ENST00000434101 794 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 CCND3P1-201ENST00000438347 580 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 GLUD1P3-201ENST00000507952 896 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC005993.1-201ENST00000555581 397 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC092756.1-201ENST00000560248 448 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 CCND3P2-201ENST00000579393 537 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 LINC01836-201ENST00000586061 829 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 ETV4-208ENST00000586826 917 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 STAG3L1-204ENST00000619870 1192 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 TTC7A-203ENST00000409245 3033 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CUX1P39880 KCNIP2-203ENST00000348850 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 RGS9-202ENST00000443584 2078 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 GGA1-201ENST00000325180 2528 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 KCNJ11-204ENST00000528731 2146 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AL117190.1-201ENST00000637474 1985 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC027612.2-201ENST00000436174 1145 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 EVX1-AS-203ENST00000519218 554 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 C11orf1-202ENST00000528125 534 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 FAM192A-218ENST00000567439 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 SCAMP5-216ENST00000568081 710 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 RN7SL605P-201ENST00000577229 281 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 PRKACA-208ENST00000589994 1127 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AL645608.7-201ENST00000607769 351 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC123912.6-201ENST00000612657 315 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC245595.2-201ENST00000620141 1144 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC048382.6-201ENST00000621980 1223 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 TEX44-201ENST00000313965 1383 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CUX1P39880 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 BAIAP2-220ENST00000575712 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 CSAD-202ENST00000379843 2086 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 FCN2-202ENST00000350339 943 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AL137244.1-201ENST00000422931 865 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 C11orf58-207ENST00000525684 575 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 C11orf58-209ENST00000528634 776 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 KRT37-201ENST00000225550 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 SIGLEC11-202ENST00000426971 2479 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 FAM160B1-203ENST00000369250 2870 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 SEMA4D-204ENST00000420101 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 XPNPEP1-218ENST00000502935 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 PERM1-201ENST00000341290 3035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CUX1P39880 MSMO1-201ENST00000261507 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CUX1P39880 DUOXA1-205ENST00000558422 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CUX1P39880 SDF2-201ENST00000247020 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CUX1P39880 MIR632-201ENST00000385193 94 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC098657.1-201ENST00000416270 1135 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CUX1P39880 RIC3-205ENST00000425599 867 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AC010086.2-201ENST00000428616 226 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CUX1P39880 AL512288.1-201ENST00000448015 491 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CUX1P39880 EIF5A2-205ENST00000487522 565 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CUX1P39880 PAQR9-AS1-203ENST00000497652 516 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.9 ms