Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 F2-201ENST00000311907 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CYB561D1-201ENST00000310611 5009 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 STT3B-201ENST00000295770 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 WBP2-215ENST00000591399 2225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 IRF9-202ENST00000396864 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 MYB-201ENST00000316528 3571 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 NFATC1-207ENST00000545796 3558 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 MYB-241ENST00000616088 3573 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 TMEM184A-201ENST00000297477 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 HCG27-201ENST00000383331 1720 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 WASH7P-201ENST00000488147 1351 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 NKIRAS1-208ENST00000443659 2391 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 SERF1B-204ENST00000506542 1666 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 DAD1-201ENST00000250498 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 RPRD2-201ENST00000369067 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 HIST1H4B-201ENST00000377745 438 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 TEX33-201ENST00000381821 978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 TRBV5-7-201ENST00000390378 343 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 LRRC3-AS1-201ENST00000426578 784 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC025186.1-201ENST00000478174 870 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 RPS18P9-201ENST00000482817 460 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 EIF5A2-205ENST00000487522 565 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 PRSS3P1-201ENST00000503996 742 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 EEF1GP8-201ENST00000506566 1154 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC005740.1-201ENST00000515639 522 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC104964.1-201ENST00000520494 489 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC087203.1-201ENST00000532111 1181 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AC011444.1-201ENST00000587836 639 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ZNF737-204ENST00000596797 569 ntTSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 Metazoa_SRP.75-201ENST00000614439 293 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 AL135936.1-201ENST00000617956 998 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 PSMA6-215ENST00000622405 978 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL6A1P12109 ST3GAL3-209ENST00000361400 2195 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 KIF5B-201ENST00000302418 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 COQ4-201ENST00000300452 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 VAC14-AS1-201ENST00000398177 2145 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 RUFY1-204ENST00000437570 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC022532.1-201ENST00000624563 1728 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 TARBP2-202ENST00000394357 1402 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC138761.6-201ENST00000583997 1423 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC106707.1-201ENST00000475981 1640 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SERPINA1-209ENST00000449399 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 BACE2-203ENST00000347667 8764 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 IQCF4-202ENST00000422896 745 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 FOXP4-AS1-205ENST00000454812 575 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC092896.1-201ENST00000465850 380 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AL713999.1-201ENST00000473363 753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SOCS2-AS1-204ENST00000551626 618 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 FBXO36P1-201ENST00000579006 471 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MIR4265-201ENST00000582152 99 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 LINC01082-201ENST00000601250 441 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AL592295.3-201ENST00000637155 863 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 LUC7L2-208ENST00000541170 1525 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PPHLN1-223ENST00000610488 1521 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ATP6V0A1-204ENST00000537728 2774 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 VDAC2-202ENST00000313132 1467 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ZXDA-201ENST00000358697 4113 ntAPPRIS P1 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 DUS2-201ENST00000358896 1933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 FCRL6-202ENST00000339348 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MKRN2-202ENST00000411987 1436 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ABI3-201ENST00000225941 2109 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ORC6-201ENST00000219097 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 GOT2-202ENST00000434819 1615 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 TOM1L2-205ENST00000478943 2098 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 NCF4-201ENST00000248899 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 L2HGDH-201ENST00000261699 1377 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 FBN1-205ENST00000560355 4109 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 STOML1-206ENST00000561656 1833 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.3 ms