Protein–RNA interactions for Protein: Q96RL7

VPS13A, Vacuolar protein sorting-associated protein 13A, humanhuman

Predictions only

Length 3,174 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS13AQ96RL7 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS13AQ96RL7 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC22.77■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS13AQ96RL7 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS13AQ96RL7 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS13AQ96RL7 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS13AQ96RL7 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS13AQ96RL7 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS13AQ96RL7 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms