Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC22■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC22■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP53Q70EK8 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
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