Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXA4Q00056 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms