Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH2P43246 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH2P43246 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH2P43246 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH2P43246 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH2P43246 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH2P43246 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH2P43246 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH2P43246 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH2P43246 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH2P43246 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH2P43246 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH2P43246 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH2P43246 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH2P43246 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH2P43246 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH2P43246 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH2P43246 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH2P43246 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH2P43246 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH2P43246 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH2P43246 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH2P43246 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH2P43246 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH2P43246 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
MSH2P43246 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
MSH2P43246 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSH2P43246 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSH2P43246 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSH2P43246 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSH2P43246 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSH2P43246 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSH2P43246 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSH2P43246 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSH2P43246 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
MSH2P43246 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH2P43246 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH2P43246 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH2P43246 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH2P43246 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH2P43246 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH2P43246 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH2P43246 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH2P43246 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH2P43246 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH2P43246 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH2P43246 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH2P43246 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH2P43246 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH2P43246 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH2P43246 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH2P43246 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSH2P43246 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSH2P43246 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSH2P43246 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSH2P43246 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSH2P43246 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSH2P43246 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSH2P43246 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSH2P43246 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSH2P43246 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSH2P43246 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSH2P43246 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSH2P43246 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
MSH2P43246 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSH2P43246 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
MSH2P43246 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSH2P43246 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSH2P43246 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSH2P43246 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSH2P43246 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSH2P43246 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSH2P43246 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
MSH2P43246 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSH2P43246 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSH2P43246 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
MSH2P43246 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSH2P43246 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSH2P43246 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSH2P43246 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSH2P43246 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSH2P43246 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSH2P43246 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSH2P43246 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSH2P43246 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
MSH2P43246 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSH2P43246 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSH2P43246 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSH2P43246 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSH2P43246 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSH2P43246 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSH2P43246 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
MSH2P43246 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSH2P43246 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSH2P43246 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSH2P43246 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSH2P43246 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSH2P43246 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSH2P43246 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSH2P43246 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms