Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXD4P09016 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.4 ms