Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 ITSN2-203ENST00000406921 4563 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CLN3Q13286 NFATC4-206ENST00000539237 5686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CLN3Q13286 ITGAV-201ENST00000261023 7030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CLN3Q13286 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CLN3Q13286 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.23
CLN3Q13286 CCHCR1-202ENST00000396263 2490 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.23
CLN3Q13286 ZNF32-AS3-201ENST00000458063 1932 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CLN3Q13286 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CLN3Q13286 AL590440.2-201ENST00000641973 1595 ntBASIC13.58□□□□□ -0.23
CLN3Q13286 ZNF628-203ENST00000598519 3847 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CLN3Q13286 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CLN3Q13286 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CLN3Q13286 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 FMR1-215ENST00000616382 1648 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 PIK3CD-206ENST00000536656 5483 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 PIK3CD-208ENST00000628140 5483 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 ADGRE2-208ENST00000595839 2046 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 MRPL32-201ENST00000223324 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 U2AF1L4-201ENST00000292879 729 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 OBSCN-AS1-201ENST00000295012 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 CMTM5-202ENST00000342473 725 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 PMF1-202ENST00000368277 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 PPM1N-201ENST00000396735 895 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 CMTM5-205ENST00000397227 818 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 AC114763.1-201ENST00000431985 928 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 THRB-AS1-202ENST00000438096 702 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 PPM1N-208ENST00000456399 618 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 SNHG17-208ENST00000456953 546 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 SOX2-OT-208ENST00000477928 902 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 RPL18AP8-201ENST00000486071 528 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 AL691482.3-201ENST00000504773 987 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 AC093909.3-201ENST00000504783 336 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 IGHVIII-5-2-201ENST00000522505 261 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 CD59-210ENST00000528700 652 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 CMTM5-208ENST00000555731 831 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 AC007376.2-201ENST00000556271 540 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 ATP2A1-AS1-201ENST00000561547 558 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 AC135782.2-201ENST00000562040 472 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 AC104961.2-201ENST00000578129 663 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 AP001527.2-201ENST00000614441 631 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 NOP16-211ENST00000621444 954 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 AC002472.4-201ENST00000641915 272 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 ADAMTS2-201ENST00000251582 6754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 TNF-208ENST00000449264 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 SLC6A9-207ENST00000475075 1881 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 KMT2E-201ENST00000257745 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 GLT1D1-201ENST00000281703 2725 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 RSPO1-202ENST00000401068 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 IL3RA-201ENST00000331035 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 SEPT8-206ENST00000378706 4168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 CADPS2-205ENST00000449022 4073 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 AC239800.3-201ENST00000424684 5243 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 TAOK3-201ENST00000392533 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 ZNF821-203ENST00000446827 1822 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 MEIOC-201ENST00000409122 4604 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 PAIP2-202ENST00000394795 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 NANOS1-202ENST00000425699 4017 ntAPPRIS P2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 API5-208ENST00000531273 1868 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 SPATA6-204ENST00000396199 4964 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 POP4-201ENST00000221770 2321 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 C2-205ENST00000418949 1658 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 DRC3-202ENST00000399182 1923 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 NFYC-215ENST00000456393 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 NOS1AP-201ENST00000361897 4931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 COG3-201ENST00000349995 4498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 S100A3-202ENST00000368713 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 RBM14-204ENST00000409738 372 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 AL137058.1-201ENST00000418237 673 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 SUMF2-210ENST00000437307 947 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 TAC3-208ENST00000441881 731 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 LINC00211-203ENST00000446799 662 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 RASA3-IT1-201ENST00000454005 380 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 PRRC2B-207ENST00000458550 899 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 MSC-AS1-204ENST00000518916 864 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 MRPL49-209ENST00000534078 518 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 TXNDC17-208ENST00000574838 746 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 KRT16P3-202ENST00000580113 1012 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 KRT16P1-203ENST00000581027 1012 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 MIR2392-201ENST00000584881 84 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 AC099811.3-201ENST00000586351 425 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 SPINT2-204ENST00000587090 1246 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 SIGLEC22P-202ENST00000602065 544 ntTSL 4 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CLN3Q13286 AC140113.1-201ENST00000603467 169 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
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