Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AC005746.3-201ENST00000614751 393 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 CR392039.1-201ENST00000623217 204 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC110057.1-201ENST00000636031 898 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 NDNF-201ENST00000379692 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AP000439.3-201ENST00000545202 2376 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 LINC02212-201ENST00000515243 2130 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 PHTF2-204ENST00000415251 1738 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 MAGEC3-205ENST00000544766 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 LIMS2-206ENST00000409754 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 Z82195.2-202ENST00000458525 1646 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 CDK3-201ENST00000425876 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 SCAP-215ENST00000545718 2950 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 TP53I11-208ENST00000525680 2647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 HIGD2A-201ENST00000274787 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 ODF3L1-201ENST00000332145 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 U73169.1-201ENST00000395152 367 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 ANKRD2-204ENST00000455090 1072 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC112250.1-201ENST00000504640 745 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 RNA5SP420-201ENST00000516997 137 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 MED11-202ENST00000573708 802 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 SNX11-210ENST00000582104 1282 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 FTSJ1-203ENST00000396894 1669 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 CCDC116-201ENST00000292779 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CUX1P39880 BPIFA4P-201ENST00000375465 1203 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 MPV17-207ENST00000403262 665 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 SLC5A4-AS1-201ENST00000434942 876 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 CMTM1-219ENST00000533953 934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC004801.1-201ENST00000549557 360 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 NKAPP1-204ENST00000555168 557 ntTSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 YPEL4-201ENST00000300022 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AP4B1-204ENST00000369569 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 RUFY2-204ENST00000399200 2685 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 GOLGA5-201ENST00000163416 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 CRISP2-201ENST00000339139 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 HYAL1-209ENST00000618175 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 TUBB8-206ENST00000568584 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 ZNF586-203ENST00000396154 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AP1M2-201ENST00000250244 1749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 KRT18P33-201ENST00000398525 1043 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 MPV17-209ENST00000405983 859 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 CUTA-204ENST00000440279 822 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 BX072579.1-201ENST00000449453 344 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 CDK4P1-201ENST00000454213 828 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 TREX1-203ENST00000456089 629 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 SLC25A3-215ENST00000551265 580 ntTSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC026470.4-201ENST00000565812 308 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 ZNF724-202ENST00000597037 780 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 ZNF677-210ENST00000601413 706 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 FGD5P1-202ENST00000614866 2498 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 TNFSF13-202ENST00000349228 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CUX1P39880 POLL-206ENST00000370172 2308 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC064850.1-201ENST00000413279 1398 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 GPM6B-202ENST00000355135 1673 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AL590824.1-201ENST00000403828 1349 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC004223.3-201ENST00000593039 1638 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 VPS28-201ENST00000292510 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 WFDC5-202ENST00000372789 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 VPS28-202ENST00000377348 1097 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AQP7-202ENST00000377425 1068 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 RPSAP6-201ENST00000417882 882 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 HNRNPA1P10-201ENST00000444945 962 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 RN7SL684P-201ENST00000465665 294 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC112484.2-201ENST00000498297 1298 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 SMAD1-AS1-201ENST00000513542 481 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 SRPK2P-201ENST00000523408 1100 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 C9orf135-205ENST00000527647 748 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 VPS28-210ENST00000529182 1010 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AF111169.3-201ENST00000553991 756 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC245369.7-201ENST00000631386 350 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 BRCC3-201ENST00000330045 2496 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 LGALS4-201ENST00000307751 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 SELENBP1-208ENST00000447402 1530 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 MARK2-206ENST00000425897 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 SALL2-205ENST00000611430 1466 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CUX1P39880 PA2G4-201ENST00000303305 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 RASAL1-207ENST00000548055 2502 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CUX1P39880 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms