Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 MVK-217ENST00000639206 367 ntTSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CCDC186-202ENST00000369286 1928 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ABI2-202ENST00000261017 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ELOA2-202ENST00000620522 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 TNS1-207ENST00000430930 5900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SLC12A8-207ENST00000469902 2989 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CLUHP2-201ENST00000426660 1303 ntBASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AFAP1L1-205ENST00000515000 2319 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SHROOM1-203ENST00000378679 4019 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SLC27A3-201ENST00000271857 3351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CPN2-202ENST00000429275 2008 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 TFE3-201ENST00000315869 3415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 TCF3-201ENST00000262965 4451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ARID4A-202ENST00000355431 5891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 LARP4-201ENST00000293618 6296 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 FRZB-201ENST00000295113 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 OSBPL7-211ENST00000613735 2836 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AP000593.2-201ENST00000542775 1433 ntBASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SIPA1-203ENST00000527525 3235 ntTSL 2 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SLC26A11-202ENST00000411502 2872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 PRF1-202ENST00000441259 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 STK40-204ENST00000373132 3621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ISLR-202ENST00000395118 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 COQ7-209ENST00000569127 2575 ntTSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 TELO2-201ENST00000262319 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ZMYM3-204ENST00000373982 1867 ntTSL 5 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC025171.1-202ENST00000499871 2271 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 MLF1-217ENST00000619577 2290 ntTSL 5 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 PLA2G3-201ENST00000215885 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 RNF123-202ENST00000432042 2670 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC079447.1-201ENST00000424491 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AL590440.2-201ENST00000641973 1595 ntBASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 TNS1-205ENST00000419504 5921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 TATDN3-202ENST00000366974 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AL928921.2-201ENST00000641325 2442 ntBASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 FOXL1-201ENST00000320241 3655 ntAPPRIS P1 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 PML-203ENST00000354026 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 PLCXD2-201ENST00000393934 2063 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 UBA6-202ENST00000420827 1664 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 PLK2-201ENST00000274289 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 C9orf24-201ENST00000297623 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 FCRLB-201ENST00000336830 1193 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 TMBIM4-202ENST00000358230 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 GABARAPL2-201ENST00000037243 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 C9orf24-205ENST00000379133 712 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 POM121L8P-201ENST00000417732 1281 ntBASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 POM121L9P-203ENST00000441984 1285 ntBASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 PUDPP3-201ENST00000445368 636 ntBASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC012441.1-201ENST00000446669 685 ntBASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ZIM2-AS1-201ENST00000595954 2129 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC044839.1-204ENST00000634777 1058 ntTSL 5 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SLCO2B1-217ENST00000532236 2593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ZKSCAN7-201ENST00000273320 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ENO3-206ENST00000519584 1322 ntTSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 CIT-219ENST00000612548 1799 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ACER2-201ENST00000340967 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ADAMTSL1-205ENST00000380548 8030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ILK-201ENST00000299421 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 DHRS4-AS1-204ENST00000555045 1848 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ANKRD35-201ENST00000355594 3342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AL805961.2-201ENST00000642139 4817 ntBASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SYNRG-231ENST00000622045 3859 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 LHX6-207ENST00000541397 2942 ntTSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 APCDD1L-201ENST00000371149 3426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ALDH4A1-206ENST00000538839 2957 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC008894.2-201ENST00000597983 2987 ntTSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF37-201ENST00000333677 4968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 NXPH3-202ENST00000513748 1530 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC093668.2-201ENST00000481893 3569 ntTSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 AC105052.1-201ENST00000519541 3569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 PLEKHO2-202ENST00000616065 3569 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 FGFR3-201ENST00000260795 4132 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 RUFY1-204ENST00000437570 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.77□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 APBB1-220ENST00000609331 1574 ntTSL 5 BASIC12.77□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 LRRC41-208ENST00000617760 2158 ntTSL 5 BASIC12.77□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 SMG9-201ENST00000270066 5510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ATP2C1-214ENST00000508532 4969 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 NT5C3A-213ENST00000610140 1670 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 ACTL8-202ENST00000617065 1670 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.77□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 TDRD12-202ENST00000444215 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 BOLL-203ENST00000392296 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 DGKD-202ENST00000409813 6228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 DOT1L-201ENST00000398665 7436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 GPRC5C-202ENST00000392627 2988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.36
CCDC54Q8NEL0 FAM189A2-201ENST00000257515 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 CCNF-202ENST00000397066 4283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC12.77□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC12.77□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85 ms