Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 EIF4E2-201ENST00000258416 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
SPTA1P02549 UBE3B-202ENST00000342494 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
SPTA1P02549 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
SPTA1P02549 SFI1-209ENST00000443011 3579 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
SPTA1P02549 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
SPTA1P02549 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
SPTA1P02549 SLC35B2-206ENST00000615337 2014 ntTSL 4 BASIC13.15□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 MYCBPAP-201ENST00000323776 3186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 VEGFA-201ENST00000230480 993 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 PPIA-201ENST00000355968 818 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 NCR3-204ENST00000376073 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 ADARB2-AS1-201ENST00000381301 625 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 PYM1-203ENST00000408946 1226 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 PPP1R2P4-201ENST00000424051 595 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 FOXP4-AS1-202ENST00000432751 409 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 AC002127.2-201ENST00000444032 792 ntTSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 PPIA-208ENST00000489459 907 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 RN7SL767P-201ENST00000493013 295 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 PAGE3-202ENST00000519203 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 CCKBR-204ENST00000531712 463 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 COQ4-204ENST00000608951 781 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 CTSH-218ENST00000615999 972 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 PPIA-210ENST00000620047 827 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 ST5-261ENST00000626808 1071 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 AP000357.2-201ENST00000633827 597 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 SLC35G5-201ENST00000382435 1321 ntAPPRIS P1 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 MS4A15-201ENST00000337911 1536 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 GRAMD2B-201ENST00000285689 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 LINC00963-203ENST00000423918 1654 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 C3orf52-202ENST00000431717 2054 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 PNPLA6-201ENST00000221249 4617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 ZFP64-201ENST00000216923 3264 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 CPSF1-212ENST00000616140 4494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 MRPL33-201ENST00000296102 518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 PARP10-201ENST00000313028 3497 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 MRPL33-202ENST00000379666 404 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 KIR2DL4-207ENST00000396293 715 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 NEDD4L-205ENST00000400345 3647 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 NSD2-209ENST00000436793 835 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 INHBA-203ENST00000442711 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 GNG10P1-201ENST00000452289 199 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 RN7SL494P-201ENST00000461517 304 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 AC034231.1-201ENST00000507251 537 ntTSL 4 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 AC113347.2-201ENST00000512350 279 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 URB1-AS1-201ENST00000534991 831 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 PCBP2-215ENST00000549863 1619 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 RNASEK-204ENST00000552039 591 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 KCP-203ENST00000610776 5108 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 OSMR-AS1-204ENST00000636516 850 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 BRAT1-201ENST00000340611 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 TRMT10B-207ENST00000537911 2108 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 GPD1-205ENST00000548814 1591 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 SURF4-208ENST00000613129 3148 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 AC021305.1-201ENST00000520656 1514 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 VAMP2-202ENST00000404970 1479 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 NCF4-201ENST00000248899 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 EXTL1-201ENST00000374280 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 RNVU1-8-201ENST00000364272 125 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 AC015691.1-201ENST00000394793 535 ntTSL 3 BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 PPM1N-201ENST00000396735 895 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 LINC00339-202ENST00000416769 1077 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 PPM1N-208ENST00000456399 618 ntTSL 3 BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 RAMP3-203ENST00000496212 543 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 AC090136.2-201ENST00000517809 420 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 TMEM14C-205ENST00000541412 1177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 MT2A-202ENST00000561491 581 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 USB1-205ENST00000561743 1135 ntTSL 3 BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 AC124068.2-201ENST00000569473 1109 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 CADM1-221ENST00000612235 1042 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 AC090510.3-201ENST00000615831 821 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 BTBD11-204ENST00000420571 3478 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 ATN1-201ENST00000356654 4351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 PASK-201ENST00000234040 4572 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 MVB12B-206ENST00000489637 2666 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 ZNF384-202ENST00000355772 2514 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 RNF8-202ENST00000373479 5631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
SPTA1P02549 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms