Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 SNX3-204ENST00000426155 1072 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 RNLS-203ENST00000437752 525 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 HNRNPA1P42-201ENST00000458678 957 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 IGKV1D-43-201ENST00000468879 532 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AL121796.1-201ENST00000505702 466 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 KRT18P37-201ENST00000520711 1282 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ORAOV1-205ENST00000535657 709 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC140658.4-201ENST00000561990 352 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NT5C-204ENST00000578337 582 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC004686.1-201ENST00000605113 538 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 Metazoa_SRP.127-201ENST00000614914 302 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ZDHHC6-201ENST00000369404 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NPNT-201ENST00000305572 3003 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NDOR1-202ENST00000371521 2497 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AL391244.1-206ENST00000447725 1843 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ACP2-212ENST00000533929 1366 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC082651.4-201ENST00000483023 1852 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NEDD4-202ENST00000435532 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 SUOX-204ENST00000394115 2394 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ETNPPL-206ENST00000510706 1692 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ZNF576-202ENST00000391965 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TMTC1-206ENST00000551659 4228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TUBGCP2-204ENST00000417178 4029 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ZBTB17-216ENST00000537142 2511 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC067931.2-201ENST00000623655 2003 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC023632.2-201ENST00000523011 1789 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MRPS11-202ENST00000353598 766 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ID2-AS1-201ENST00000412712 953 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC092570.1-201ENST00000414446 469 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 LINC00313-207ENST00000451543 413 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AL392046.1-202ENST00000457255 521 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AADACL2-AS1-202ENST00000483843 628 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 BCRP4-201ENST00000506079 804 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC138409.2-203ENST00000508395 553 ntTSL 4 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 AC136601.1-201ENST00000521803 666 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 KNOP1P1-201ENST00000542108 989 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TNNI1-205ENST00000555948 580 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 SKA2-205ENST00000580541 689 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 LINC01669-201ENST00000623161 413 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ADAMTS9-AS1-216ENST00000626280 882 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 IDH3A-224ENST00000629769 114 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 LINC01002-234ENST00000633808 848 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ADD1-204ENST00000398123 2361 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 STRA6-205ENST00000432245 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 LINC02076-201ENST00000577684 1871 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CDC37-201ENST00000222005 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ZCCHC17-201ENST00000344147 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TAGLN2-202ENST00000368096 1603 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TAGLN2-203ENST00000368097 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 MED7-202ENST00000420343 1382 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ASGR1-209ENST00000619926 1384 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 ALG3-207ENST00000455059 1697 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 LRIF1-202ENST00000485275 1796 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PLIN1-201ENST00000300055 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 NRCAM-217ENST00000613830 3025 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 HIF3A-218ENST00000600383 2101 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL6A1P12109 SRPX-206ENST00000544439 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.2 ms