Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 NDRG1-209ENST00000518176 888 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 IGHVIII-5-2-201ENST00000522505 261 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 TSPAN11-204ENST00000546076 1058 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AC027601.3-201ENST00000622907 509 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CYP4B1-215ENST00000640628 969 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 LMAN2L-202ENST00000377079 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 PPM1F-201ENST00000263212 5143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 GAP43-202ENST00000393780 1901 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP45-202ENST00000539243 4184 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 PLEKHB2-205ENST00000409279 2488 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 KIRREL3-202ENST00000525704 2474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 ATP6V0A4-201ENST00000310018 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SLC4A7-210ENST00000440156 4120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CICP8-201ENST00000455800 2813 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SVOPL-202ENST00000419765 1523 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CD48-203ENST00000613788 1500 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 HSD17B4-206ENST00000504811 2740 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CLEC16A-203ENST00000409790 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CAMK1D-204ENST00000619168 8153 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 DHX16-202ENST00000376442 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AL359183.1-201ENST00000623796 2132 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CLCNKA-202ENST00000375692 2581 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 TNIK-202ENST00000341852 4727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 TRMT10B-202ENST00000377753 2027 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AP000552.1-203ENST00000416615 1930 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 FLII-201ENST00000327031 4338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SATB2-205ENST00000443023 6194 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 THBS4-201ENST00000350881 3222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 GIT2-201ENST00000320063 2094 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 RNASEH2C-201ENST00000308418 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 THAP4-202ENST00000402136 785 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 HNRNPA1P27-201ENST00000412087 955 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AL354893.2-201ENST00000423075 529 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AL392046.1-202ENST00000457255 521 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AAMDC-206ENST00000526415 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 NR2C2AP-207ENST00000544883 899 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 NPIPB11-202ENST00000614927 1216 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CYP1B1-AS1-221ENST00000627172 995 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 PLXDC1-201ENST00000315392 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 NDRG4-221ENST00000563799 3014 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CPPED1-201ENST00000261660 1898 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CHEK2-201ENST00000328354 1867 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 B4GALT3-202ENST00000367998 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 C16orf45-202ENST00000452191 1865 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 ZNF750-202ENST00000572562 1513 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 PDZD7-206ENST00000619208 4135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 PVR-205ENST00000425690 3325 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CHI3L2-212ENST00000524472 1435 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SNPH-203ENST00000614659 5354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 DAZL-201ENST00000250863 3104 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CPNE5-202ENST00000393189 2542 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 PAX5-214ENST00000523241 1342 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 IL12RB1-203ENST00000593993 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 UBXN11-202ENST00000357089 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 COL17A1-201ENST00000353479 5734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 EFHC1-230ENST00000637263 2089 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SEZ6L-206ENST00000404234 3444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AP1M2-201ENST00000250244 1749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SIGLEC6-201ENST00000343300 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 FAM219B-201ENST00000357635 3550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 ACSL1-201ENST00000281455 3832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 LOXHD1-203ENST00000398686 1958 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 FAM200B-201ENST00000422728 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CCDC86-201ENST00000227520 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 EIF4E2-201ENST00000258416 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AGAP5-201ENST00000374094 2394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AL591122.2-201ENST00000624125 1853 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 DNAJB6-201ENST00000262177 2527 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 TGOLN2-204ENST00000409015 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 TNFRSF1B-201ENST00000376259 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CRACR2A-203ENST00000440314 2697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 GPR17-202ENST00000393018 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AL391361.3-201ENST00000420601 379 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AL590640.2-201ENST00000457038 527 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 TMEM14B-210ENST00000473276 730 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 TMEM14B-212ENST00000475942 992 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 TPD52L1-208ENST00000528193 789 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 ORAOV1-211ENST00000542341 775 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AC091891.1-201ENST00000560688 688 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AC111170.2-201ENST00000585369 768 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 YIF1B-216ENST00000592694 1181 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.5 ms