Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

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Length 1,077 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 GPER1-203ENST00000397092 2971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 GRIN1-203ENST00000371550 3940 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 MED15-204ENST00000406969 3210 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 MFSD2B-201ENST00000338315 2850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 ARHGAP45-202ENST00000539243 4184 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 SEMA4D-204ENST00000420101 1837 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 JRK-209ENST00000612905 9124 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 RPL13-204ENST00000452368 1455 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 SEZ6-203ENST00000360295 4306 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 PPFIA3-203ENST00000602351 4341 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 PGAP2-201ENST00000278243 2062 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 WDR59-201ENST00000262144 5898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 KIF7-201ENST00000394412 4551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 CCDC117-202ENST00000421503 3766 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 TGFBRAP1-201ENST00000258449 2827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 ZBED1-203ENST00000381223 4510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 AC051649.2-201ENST00000640310 3319 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 PATL2-208ENST00000560780 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 SNX21-203ENST00000372541 771 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 RGS5-214ENST00000429865 754 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 AC016694.1-201ENST00000434179 700 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 PTPA-220ENST00000436883 532 ntTSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 TTTY23B-201ENST00000442790 549 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 RPL8-205ENST00000527914 551 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 BTNL10-201ENST00000595971 695 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 IGHV3-72-202ENST00000621503 303 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 AC027601.3-201ENST00000622907 509 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 TTC7A-202ENST00000394850 4306 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 SMPDL3B-201ENST00000373888 1548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 AL354989.2-201ENST00000435838 1540 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 ZNF100-201ENST00000305570 2283 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 PCCB-215ENST00000482086 1436 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 LINC01667-202ENST00000623919 1422 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 NBAT1-201ENST00000566912 1940 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 TAGLN-207ENST00000532870 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 AP3M2-201ENST00000174653 3661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 UBXN11-202ENST00000357089 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 LOXHD1-203ENST00000398686 1958 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 MAPT-204ENST00000344290 6816 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 FAM129B-202ENST00000373314 3760 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 SEPT12-201ENST00000268231 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 SLC2A11-223ENST00000611880 3264 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 PGLYRP2-201ENST00000292609 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 SPATA6-204ENST00000396199 4964 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 LDHAL6A-201ENST00000280706 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 NOP58-201ENST00000264279 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 HYOU1-219ENST00000614711 3057 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
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USP28Q96RU2 AL121992.1-201ENST00000428945 2845 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 CD48-203ENST00000613788 1500 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 IGDCC3-201ENST00000327987 4479 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 FARP2-201ENST00000264042 4051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 AL136309.1-201ENST00000403917 691 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
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USP28Q96RU2 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
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USP28Q96RU2 IGHVIII-5-2-201ENST00000522505 261 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 CLEC11A-202ENST00000599973 1026 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 AJUBA-201ENST00000262713 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 SCFD1-203ENST00000458591 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 PNMA3-202ENST00000593810 1432 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 IDH3B-212ENST00000613370 1400 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 AP000550.1-201ENST00000420508 4833 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 MGC16275-201ENST00000499670 2501 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 ADCY7-208ENST00000566433 2535 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 DCAF17-202ENST00000375255 5828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 TSEN2-202ENST00000402228 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 PSIP1-204ENST00000380738 3364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 NR1H3-221ENST00000481889 1704 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 CETP-203ENST00000566128 1733 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 GRM7-215ENST00000486284 4241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 ZNF609-202ENST00000416172 3863 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 SCARA5-201ENST00000354914 4026 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 COL17A1-201ENST00000353479 5734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 PRAME-214ENST00000543184 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 ABAT-215ENST00000569156 1911 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 ADAM15-209ENST00000449910 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
USP28Q96RU2 LATS2-201ENST00000382592 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
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