Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 ACAD8-201ENST00000281182 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 EPN2-210ENST00000571254 1883 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 LINC00479-201ENST00000412102 2033 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 IFT22-210ENST00000517481 1657 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CYB5R2-201ENST00000299498 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CTSL-202ENST00000342020 933 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 RHOC-207ENST00000369638 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 PCLAF-202ENST00000380258 911 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 KLHL7-204ENST00000410047 1233 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AC004540.1-204ENST00000449537 727 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AC074389.3-201ENST00000450458 454 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CALD1-222ENST00000495522 2199 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CD44-224ENST00000526669 870 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 NR4A1-209ENST00000548232 1101 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 SNAPC2-206ENST00000597584 1413 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 LINC01869-204ENST00000635639 1047 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 BARHL2-201ENST00000370445 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 ACVR1B-206ENST00000542485 2362 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AC007603.1-201ENST00000563124 2085 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 NEK3-210ENST00000620675 2072 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AP000866.1-201ENST00000499143 2886 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CAMP-201ENST00000296435 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 RNF212-201ENST00000333673 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AL359853.1-202ENST00000415218 544 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 MED19-202ENST00000431606 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 PGK1P2-201ENST00000431702 1214 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 LINC00399-201ENST00000439008 414 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CUX1P39880 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CUX1P39880 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CUX1P39880 C2orf68-201ENST00000306336 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CUX1P39880 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CUX1P39880 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CUX1P39880 EFHC1-230ENST00000637263 2089 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CUX1P39880 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CUX1P39880 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CUX1P39880 RGS3-201ENST00000317613 2542 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CUX1P39880 PCGF2-203ENST00000616129 1534 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
CUX1P39880 CCL19-201ENST00000311925 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CUX1P39880 LINC00303-203ENST00000427799 1028 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CUX1P39880 EEF1DP5-201ENST00000431410 772 ntBASIC23.58■■□□□ 1.36
CUX1P39880 AC008982.2-201ENST00000600473 493 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
CUX1P39880 LINC02333-201ENST00000603464 852 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.36
CUX1P39880 AC026120.2-201ENST00000617239 309 ntBASIC23.58■■□□□ 1.36
CUX1P39880 OR2T11-201ENST00000625105 1072 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.36
CUX1P39880 LAP3-210ENST00000606142 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CUX1P39880 SLC32A1-201ENST00000217420 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CUX1P39880 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
CUX1P39880 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 KRT85-201ENST00000257901 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 MEFV-203ENST00000536379 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 FLAD1-202ENST00000295530 1211 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 IFITM1-201ENST00000328221 844 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 CST1-202ENST00000398402 655 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 IFITM1-202ENST00000408968 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 LZTS1-AS1-201ENST00000523103 892 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 LINC00301-203ENST00000527161 749 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 HTATIP2-205ENST00000530266 713 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 SRP54-AS1-204ENST00000556705 580 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 SLC9A3R2-204ENST00000563587 1037 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 HNRNPA1P16-201ENST00000575692 955 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 AC008906.2-201ENST00000606656 474 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 SFXN4-201ENST00000355697 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 UBA1-202ENST00000377269 2497 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 CDH1-202ENST00000422392 2567 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 EXOG-201ENST00000287675 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 CSAD-203ENST00000379846 1962 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 ADAM33-206ENST00000617732 1971 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CUX1P39880 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CUX1P39880 HMOX2-201ENST00000219700 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CUX1P39880 PNPLA3-203ENST00000423180 2222 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CUX1P39880 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CUX1P39880 DKKL1P1-201ENST00000400550 698 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CUX1P39880 RPL10-203ENST00000406022 748 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CUX1P39880 AL158207.2-201ENST00000414926 266 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.1 ms