Protein–RNA interactions for Protein: P61968

LMO4, LIM domain transcription factor LMO4, humanhuman

Predictions only

Length 165 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMO4P61968 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
LMO4P61968 DPP6-205ENST00000427557 2388 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.51
LMO4P61968 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.51
LMO4P61968 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.51
LMO4P61968 RNF168-201ENST00000318037 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.51
LMO4P61968 SEMA3G-201ENST00000231721 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 PCDHA10-201ENST00000307360 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 PXN-207ENST00000536957 4112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 CHPF2-204ENST00000495645 2709 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 EVPL-201ENST00000301607 6614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 PAFAH1B1-202ENST00000397195 5497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 UBASH3A-203ENST00000398367 1733 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 HIST1H2AG-201ENST00000359193 2250 ntAPPRIS P1 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 RCAN3-202ENST00000374395 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 INTS11-248ENST00000545578 2263 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 DBF4-201ENST00000265728 3907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 TM4SF19-203ENST00000446879 1582 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 NUP88-207ENST00000573584 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 NUP62-212ENST00000597723 1824 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 MRPL32-201ENST00000223324 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 PSMG4-203ENST00000380306 726 ntTSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 FOLR1-202ENST00000393676 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 AIMP2-202ENST00000395236 860 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 PHACTR2-204ENST00000397980 745 ntTSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 TP53I3-203ENST00000407482 747 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 HILPDA-202ENST00000435296 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 SAP30L-203ENST00000440364 792 ntTSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 TREX1-202ENST00000444177 1200 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 IMPA1-203ENST00000449740 1180 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 AC092535.3-201ENST00000504969 468 ntTSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 MRPL22P1-201ENST00000505398 616 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 AC022447.6-201ENST00000515522 438 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 ALG1L13P-202ENST00000519320 584 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 POLD4-206ENST00000530584 899 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 POLD4-208ENST00000532830 904 ntTSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 UBXN1-214ENST00000533000 367 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 PTGR1-209ENST00000538962 1200 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 AC104961.2-201ENST00000578129 663 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 SKA2-205ENST00000580541 689 ntTSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 RPL17P45-201ENST00000586289 509 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 BCL2L12-204ENST00000594157 620 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 RPL18A-204ENST00000599898 491 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 RN7SL736P-201ENST00000613111 269 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 SLC38A6-201ENST00000267488 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 PGAP2-227ENST00000496834 1530 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 ZSCAN5A-206ENST00000587492 1542 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 IER5-201ENST00000367577 4188 ntAPPRIS P1 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 RHD-203ENST00000357542 1387 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 METTL7B-202ENST00000614691 1368 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 AC025171.1-202ENST00000499871 2271 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 TC2N-201ENST00000340892 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 NBPF3-205ENST00000454000 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 AGAP4-208ENST00000618171 2387 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 SLC5A7-201ENST00000264047 5152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.51
LMO4P61968 C17orf80-203ENST00000359042 3645 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 FDFT1-223ENST00000615631 2462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 AL139423.1-201ENST00000606802 7923 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 COLCA2-202ENST00000526216 1332 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 PKD2L2-205ENST00000508638 2333 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 GNAI2-201ENST00000266027 2169 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 PRICKLE3-204ENST00000453382 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 TSFM-207ENST00000540550 1935 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 MEIKIN-205ENST00000616644 1438 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 SLC4A1-206ENST00000631130 1433 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 CDK16-211ENST00000518022 2022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 SLC35B2-206ENST00000615337 2014 ntTSL 4 BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 SLC26A11-202ENST00000411502 2872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 GPM6A-210ENST00000506894 2614 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 U2AF1L4-201ENST00000292879 729 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 COX14-201ENST00000317943 708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 S100A2-203ENST00000368709 457 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 SNRPC-202ENST00000374017 1054 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 STX1A-202ENST00000395154 1022 ntTSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 FAM3B-203ENST00000398647 864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 FAM3B-204ENST00000398652 1125 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 PIK3IP1-202ENST00000402249 999 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 CRYBB3-202ENST00000404334 601 ntTSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 AL109767.1-201ENST00000429450 564 ntTSL 4 BASIC11.88□□□□□ -0.51
LMO4P61968 AL592301.1-201ENST00000439501 864 ntTSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.3 ms