Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 CACNA1A-211ENST00000592864 1623 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CUX1P39880 TMEM9B-202ENST00000525069 1433 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CUX1P39880 MAGEH1-201ENST00000342972 1462 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.39
CUX1P39880 ZFP1-201ENST00000332307 1502 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
CUX1P39880 IFNLR1-203ENST00000374418 674 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 TRBV5-7-201ENST00000390378 343 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 EFNA4-203ENST00000427683 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 CDCA4P4-201ENST00000435216 680 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 DLEU2-205ENST00000443587 705 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 AC117945.1-201ENST00000451375 463 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 LINC00824-204ENST00000520766 597 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 MIR4746-201ENST00000579802 71 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 PTOV1-AS2-203ENST00000601893 719 ntTSL 4 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 ANO10-202ENST00000350459 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 AC138904.3-201ENST00000635780 2681 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 CNMD-203ENST00000448904 1444 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 HTR3D-201ENST00000334128 1459 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 RALGPS1-203ENST00000373434 2466 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 UBXN11-204ENST00000374217 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 MARS-233ENST00000628866 2583 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 NFATC4-226ENST00000556279 2924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CUX1P39880 ZNF587-203ENST00000423137 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 AC068760.1-201ENST00000493579 1953 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 FUNDC2P2-201ENST00000331369 1223 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 MRPS11-202ENST00000353598 766 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 OLFML2B-202ENST00000367938 1153 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 FLJ37035-201ENST00000419400 446 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 ZMIZ1-AS1-202ENST00000440151 814 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 VEGFA-219ENST00000518824 606 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 AC104964.1-201ENST00000520494 489 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 LINC01543-201ENST00000578367 900 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 RFX8-201ENST00000428343 1686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 C1orf87-202ENST00000450089 1307 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 COG3-206ENST00000617493 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 AC092115.1-201ENST00000566277 1402 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 MSRA-201ENST00000317173 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 UBE2L5P-202ENST00000635918 1513 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 KCNIP1-210ENST00000636734 1613 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 HLA-DMA-202ENST00000395303 1007 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 FAM138B-202ENST00000446648 1130 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 FAM138C-202ENST00000449442 1126 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 RN7SL351P-201ENST00000469306 248 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 MT3-202ENST00000561640 514 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 MIR6816-201ENST00000620368 66 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 FAM138F-201ENST00000631376 1183 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 DNAJC10-211ENST00000640034 888 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CUX1P39880 PDIA4-201ENST00000286091 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 CDC42SE2-202ENST00000395246 3485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 TPM2-204ENST00000378300 1771 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 CCDC86-201ENST00000227520 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 RPH3AL-202ENST00000331302 2606 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 OR2V1-205ENST00000642036 2609 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 ATL3-203ENST00000538786 1920 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 GGTLC4P-201ENST00000402176 664 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 ACTBP14-201ENST00000411655 1089 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 AC136604.1-202ENST00000425471 771 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 ARSEP1-202ENST00000430152 499 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 PRKAR2A-AS1-203ENST00000431705 592 ntTSL 4 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 SNRPF-204ENST00000552085 815 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 Metazoa_SRP.127-201ENST00000614914 302 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 ASAH1-210ENST00000520781 2245 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 SPRY4-202ENST00000434127 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 INSC-205ENST00000525218 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 FAM227B-212ENST00000561064 1596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CUX1P39880 CLTCL1-212ENST00000622493 1714 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CUX1P39880 AP001627.1-201ENST00000437426 1754 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CUX1P39880 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CUX1P39880 AZGP1-202ENST00000411734 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CUX1P39880 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CUX1P39880 RARG-202ENST00000394426 2640 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CUX1P39880 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CUX1P39880 CECR7-202ENST00000441006 2726 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CUX1P39880 SPOCK3-226ENST00000541354 2797 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CUX1P39880 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CUX1P39880 SIRPB3P-201ENST00000340424 1216 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CUX1P39880 TSC22D3-202ENST00000372382 1216 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CUX1P39880 TREM2-202ENST00000373113 1044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CUX1P39880 VENTXP4-201ENST00000449029 958 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CUX1P39880 AC011462.4-201ENST00000616866 449 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.5 ms