Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 MT2A-202ENST00000561491 581 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TRMT112P3-201ENST00000580149 358 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 NAV1-210ENST00000593583 726 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PTPN20CP-201ENST00000614090 920 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CCDC113-206ENST00000616795 891 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AL591471.1-201ENST00000621855 229 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MRM2-201ENST00000242257 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TCL1A-203ENST00000554012 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SLC1A6-201ENST00000221742 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SYBU-206ENST00000424158 3007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ZMYND15-201ENST00000269289 2448 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MRPS10-201ENST00000053468 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 A1BG-AS1-204ENST00000595302 2130 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC139712.1-201ENST00000378256 1875 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 COL18A1-203ENST00000359759 6586 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AGGF1P1-201ENST00000509500 2073 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 OTOS-201ENST00000319460 566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 SUMO4-201ENST00000326669 1066 ntAPPRIS P1 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MYMK-201ENST00000339996 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TAF8-202ENST00000372978 794 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ZNF286A-201ENST00000395893 654 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AP002856.2-201ENST00000416553 584 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 RN7SL767P-201ENST00000493013 295 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 RAMP3-203ENST00000496212 543 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ALG1L3P-201ENST00000503331 765 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 LINC01485-202ENST00000520324 566 ntTSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 LINC01154-201ENST00000548617 454 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC012174.1-201ENST00000562349 714 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AP001269.2-201ENST00000590055 379 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PTOV1-AS2-203ENST00000601893 719 ntTSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TM4SF19-AS1-203ENST00000452051 1829 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TBC1D1-219ENST00000615497 2383 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AL109809.1-201ENST00000418979 1367 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC009242.1-201ENST00000634300 2706 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PCDHGB8P-201ENST00000502926 1973 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ETNPPL-201ENST00000296486 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TXNDC5-204ENST00000473453 1301 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 STAG1-206ENST00000480733 1304 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MS4A15-201ENST00000337911 1536 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 RNF157-AS1-204ENST00000590137 1812 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ATF4-203ENST00000404241 1910 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PDP1-203ENST00000517764 2140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 EPB41L3-203ENST00000400111 4259 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 UPK1A-201ENST00000222275 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PROK2-201ENST00000295619 1022 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 UPK1A-202ENST00000379013 1016 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AL929302.1-201ENST00000426556 871 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 DEPDC1-AS1-201ENST00000428732 1247 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 NME6-208ENST00000435684 599 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 HDAC2-AS2-203ENST00000436876 591 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 GH2-203ENST00000449787 753 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 LINC00892-203ENST00000454385 686 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 CALCA-205ENST00000486207 851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC023906.1-201ENST00000486386 453 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MUTYH-231ENST00000488731 740 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC008026.2-201ENST00000495438 348 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TRPC7-AS1-201ENST00000514459 460 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TMEM123-208ENST00000532161 743 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC079949.1-201ENST00000541419 505 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 NDUFB10P1-201ENST00000567319 521 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC023421.2-201ENST00000589510 313 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 APOBEC3H-207ENST00000613996 465 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 OPRM1-201ENST00000229768 1465 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PAIP2-201ENST00000265192 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 OPRM1-207ENST00000428397 1481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 INTS14-204ENST00000442903 1863 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.2 ms