Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 RPL35-201ENST00000348462 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TMEM254-204ENST00000372277 366 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 DKFZp779M0652-201ENST00000378779 649 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 IYD-204ENST00000392255 1180 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 RPL14-202ENST00000396203 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SNHG17-201ENST00000413755 648 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC012506.3-201ENST00000415245 892 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AL391361.3-201ENST00000420601 379 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TREML1-202ENST00000426005 981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SKA2-202ENST00000437036 625 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PUDPP3-201ENST00000445368 636 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 UPF3AP2-201ENST00000457924 1132 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PCOLCE2-208ENST00000485766 1088 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 HLA-J-204ENST00000495278 958 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC125604.1-201ENST00000496255 707 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 HHIP-AS1-201ENST00000503066 897 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC105362.1-201ENST00000511234 564 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ZNF419-208ENST00000518999 746 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC005833.2-201ENST00000527518 1249 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ERICH5-202ENST00000545282 596 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC007333.1-201ENST00000568286 630 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 RN7SL574P-201ENST00000581512 297 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC011447.3-201ENST00000590606 722 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC027601.3-201ENST00000622907 509 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PLEKHB2-211ENST00000628582 1297 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 RPL35-206ENST00000629845 340 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 MKS1-202ENST00000393119 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SDHAF2-201ENST00000301761 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 STK40-204ENST00000373132 3621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC026748.1-201ENST00000624349 3251 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TMEM201-202ENST00000340381 3776 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TPD52-201ENST00000379096 4041 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 BRMS1-201ENST00000359957 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 MYL6-219ENST00000551589 1438 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AUTS2-218ENST00000615871 4511 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 INHBE-201ENST00000266646 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 C6orf120-201ENST00000332290 2667 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SLC4A9-203ENST00000506545 2838 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 GPD2-208ENST00000438166 2457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 FAM114A2-215ENST00000522858 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SLC39A14-201ENST00000240095 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ZCCHC17-207ENST00000616859 1458 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ZCCHC17-208ENST00000618216 1489 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PDZD4-201ENST00000164640 3689 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AGT-201ENST00000366667 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 FAM122A-201ENST00000394264 4575 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PDGFRL-201ENST00000251630 1901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SLC6A9-203ENST00000372306 1926 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 BHMG1-201ENST00000457052 2749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CYP4F11-202ENST00000326742 2877 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ZNF79-201ENST00000342483 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SLC8B1-202ENST00000546737 1656 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 HMGN3-201ENST00000275036 831 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 HMGN3-202ENST00000344726 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 RUNDC1-201ENST00000361677 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SSR4-203ENST00000370086 643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 IFITM5-201ENST00000382614 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 KRTAP20-4-201ENST00000382828 224 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SMARCE1-204ENST00000400122 1263 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 NIF3L1-205ENST00000409588 1269 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 Z97180.1-201ENST00000445173 988 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 IGHV4-4-201ENST00000455737 417 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PABPC5-AS1-201ENST00000456187 426 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 GATD1-205ENST00000524550 995 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AL136088.1-202ENST00000525871 439 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC125603.3-201ENST00000550742 486 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SPAG5-AS1-203ENST00000554154 491 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TCL1A-208ENST00000556450 872 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 VPS18-202ENST00000558474 873 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC015660.1-201ENST00000560103 395 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CCDC144NL-AS1-209ENST00000577860 884 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SMARCE1-213ENST00000578044 1184 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SMARCE1-216ENST00000580419 1228 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 NAT9-212ENST00000581136 1011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 NCR1-206ENST00000598576 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TUBB4A-212ENST00000601152 590 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AC091812.3-201ENST00000621362 345 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PMS1-221ENST00000624204 3417 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SEC24D-202ENST00000419654 2786 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CCNL1-202ENST00000295926 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 GRB7-203ENST00000394209 1955 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 MSR1-201ENST00000262101 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 DIAPH2-204ENST00000373054 3376 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 TAF1C-216ENST00000566732 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SCYL1-208ENST00000527009 2586 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 UROD-201ENST00000246337 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 PRKRIP1-201ENST00000397912 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 SRSF8-201ENST00000587424 4028 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 FGD5P1-202ENST00000614866 2498 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 ZNF30-202ENST00000439785 2651 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 FAM90A7P-201ENST00000382628 1395 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 FAM90A23P-201ENST00000400136 1395 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 MYO3A-201ENST00000265944 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CAPN5-202ENST00000456580 2805 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
NUP88Q99567 CSRP1-201ENST00000340006 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.6 ms