Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 CSRNP2-201ENST00000228515 4471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 MAPK4-201ENST00000400384 4770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 KATNB1-201ENST00000379661 2664 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 APBB1-203ENST00000389906 2684 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ASPH-202ENST00000379449 1603 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PRAME-214ENST00000543184 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ANKRD18A-201ENST00000399703 4041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC215219.1-201ENST00000400706 1817 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PPFIA3-203ENST00000602351 4341 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 SIMC1-205ENST00000443967 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 KLHL33-203ENST00000637228 5404 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 LLGL1-201ENST00000316843 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ARHGAP4-201ENST00000350060 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 TPM1-207ENST00000403994 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 LSM5-207ENST00000410044 687 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AL136311.1-206ENST00000416069 899 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 RPL28-203ENST00000428193 573 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 BCRP2-202ENST00000447763 634 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 XXYLT1-AS1-201ENST00000458531 431 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 BCRP6-201ENST00000510112 632 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 BCRP7-201ENST00000511549 544 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ENPP7P5-201ENST00000541031 1031 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 SLC9A3-AS1-206ENST00000607005 435 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 FAM171B-202ENST00000612606 940 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ZNF831-201ENST00000371030 9401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC003102.2-201ENST00000589195 1469 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PDPK1-201ENST00000268673 4728 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 TBCE-201ENST00000366601 1966 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 APLP2-203ENST00000338167 3270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PABPC1-201ENST00000318607 3485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 MAP3K4-201ENST00000348824 5295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 DAZL-201ENST00000250863 3104 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LIG1P18858 NICN1-201ENST00000273598 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
LIG1P18858 GCM2-201ENST00000379491 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
LIG1P18858 AL355390.1-201ENST00000325811 2328 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
LIG1P18858 ETV4-203ENST00000538265 2147 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
LIG1P18858 PKM-220ENST00000568459 1806 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
LIG1P18858 TPM1-206ENST00000358278 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
LIG1P18858 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
LIG1P18858 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
LIG1P18858 ELFN2-207ENST00000613079 8360 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 FOXM1-203ENST00000361953 3370 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 PAM-201ENST00000304400 3156 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 RPGRIP1-210ENST00000556336 2955 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 MEGF11-203ENST00000409699 6163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 MEF2D-201ENST00000348159 5965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 AC023794.5-201ENST00000564380 2157 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 SALL4P5-201ENST00000419001 1760 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 AC093520.1-201ENST00000567545 1767 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 TMEM231-207ENST00000568377 2920 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 SH3BP5L-201ENST00000366472 3861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 GPRASP1-205ENST00000537097 5980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 PRF1-202ENST00000441259 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 SP8-203ENST00000617581 3496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 CAMK2A-203ENST00000398376 1493 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 CHIT1-202ENST00000367229 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 AGRN-201ENST00000379370 7323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 PGGT1B-202ENST00000379615 903 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 PRAP1-201ENST00000433452 971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 EIF3FP3-201ENST00000434851 1086 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 DNAJC19-208ENST00000486355 828 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 DNAJC19-209ENST00000491873 769 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 SLC6A12-207ENST00000536824 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 AC004466.1-201ENST00000599515 1080 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 ATF5-205ENST00000600336 682 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 AC006449.3-201ENST00000620144 563 ntTSL 4 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 MFAP4-202ENST00000395592 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 KCNMA1-202ENST00000286628 6233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 AL353803.2-201ENST00000436510 1846 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 EPHX2-207ENST00000521400 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 FIG4-201ENST00000230124 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 BRINP1-202ENST00000373964 1641 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 HNRNPH1-203ENST00000393432 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 CENPO-202ENST00000380834 4386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 SHROOM1-208ENST00000617339 3638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 PTPN9-206ENST00000618819 7813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LIG1P18858 LRRC20-201ENST00000355790 3414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms