Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PBX3-201ENST00000342287 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 DDC-AS1-201ENST00000454521 1776 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 TOMM20L-201ENST00000360945 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 PDCD5-202ENST00000379316 154 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 INS-IGF2-202ENST00000397270 828 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 EEF1DP2-201ENST00000433698 843 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 LINC00211-203ENST00000446799 662 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 DPY19L2P5-201ENST00000456300 331 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 LINC00887-204ENST00000456816 796 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AL713999.1-201ENST00000473363 753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 KRT8P2-201ENST00000556193 944 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 PDCD5-208ENST00000592786 468 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ZNF530-203ENST00000597864 634 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ASNA1-205ENST00000611688 1214 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ABCB7-202ENST00000339447 2234 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 LINC01662-201ENST00000342888 1859 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 CMBL-201ENST00000296658 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 HOXA3-201ENST00000317201 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 LINC02537-201ENST00000635943 1367 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RPL13AP3-202ENST00000494676 1473 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC237221.1-201ENST00000561575 1881 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SELENOV-202ENST00000423711 1701 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 KCTD18-202ENST00000409157 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 FUNDC2P2-201ENST00000331369 1223 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 MAGOH-202ENST00000371470 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC114763.1-201ENST00000431985 928 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 LINC02557-201ENST00000432249 477 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 EHMT2-AS1-201ENST00000434689 373 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 TRBC2-201ENST00000466254 758 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 FAM86KP-201ENST00000509817 987 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 PLA2G15-209ENST00000566188 1203 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ZNF286A-212ENST00000580259 527 ntTSL 4 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC010335.1-201ENST00000594590 599 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC140113.1-201ENST00000603467 169 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 C2orf68-201ENST00000306336 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 CNBP-201ENST00000422453 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 TTC8-203ENST00000346301 2058 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 PRC1-204ENST00000442656 2060 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 FAM167A-AS1-203ENST00000624614 1357 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ACTL7A-201ENST00000333999 1494 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 COX4I1-208ENST00000564903 1481 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AP1M2-201ENST00000250244 1749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 CLTCL1-212ENST00000622493 1714 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 TAGLN3-201ENST00000273368 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 PIP4K2A-201ENST00000323883 1319 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 NEBL-203ENST00000417816 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RNF182-206ENST00000537388 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 BARX1-AS1-201ENST00000453045 1445 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 PDE8B-202ENST00000333194 2572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CMTM1-201ENST00000328020 981 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CMTM1-202ENST00000332695 624 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 COX20P1-201ENST00000366529 357 ntBASIC21.52■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CMTM1-205ENST00000379500 1064 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 ITGA9-AS1-205ENST00000438136 578 ntTSL 4 BASIC21.52■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AL355803.1-201ENST00000455524 188 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 LINC00634-202ENST00000505157 222 ntBASIC21.52■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CMTM1-209ENST00000528324 749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CMTM1-217ENST00000533666 493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 ATP2A1-AS1-201ENST00000561547 558 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC011481.2-201ENST00000585408 426 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC007250.1-201ENST00000608934 338 ntBASIC21.52■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 PCGF2-203ENST00000616129 1534 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 PRSS8-201ENST00000317508 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CYP4F11-202ENST00000326742 2877 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 SLC29A4-203ENST00000406453 2734 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 MYOC-201ENST00000037502 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 HSPA8P5-201ENST00000456928 2069 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CDK2AP1-205ENST00000542174 1812 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 PGRMC1-201ENST00000217971 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CPN2-202ENST00000429275 2008 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 ANKRD35-201ENST00000355594 3342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 TARBP2-202ENST00000394357 1402 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 SLC6A2-205ENST00000566163 1759 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 C7orf57-201ENST00000348904 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 PLEKHB2-206ENST00000409612 2210 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CEP76-201ENST00000262127 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 ADD1-205ENST00000398125 4079 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CSAD-203ENST00000379846 1962 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 PSMB4-201ENST00000290541 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 GSTT2B-202ENST00000404172 819 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC025186.1-201ENST00000478174 870 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 SLC25A15P3-201ENST00000505530 290 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 HIST2H2BF-204ENST00000545683 999 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CR383656.3-201ENST00000551315 183 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 HPX-213ENST00000615166 826 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC012617.1-204ENST00000586340 2305 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 TAF6-201ENST00000344095 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
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