Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 AP006547.1-201ENST00000563435 692 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 HNRNPA1P48-202ENST00000565308 961 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 LINC01002-220ENST00000632790 449 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 UBE2D4-201ENST00000222402 3974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 OTOF-202ENST00000338581 4954 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ACAN-202ENST00000439576 8840 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 PDE8B-203ENST00000340978 3426 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ARHGEF26-AS1-204ENST00000491862 2598 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 SLC26A11-201ENST00000361193 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 POLR2E-211ENST00000612655 1749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 MAGEA2-203ENST00000611557 2024 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 HOXB4-201ENST00000332503 3757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 FAM163A-201ENST00000341785 2909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC099850.1-201ENST00000451775 1338 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CAPN3-207ENST00000397200 1643 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 TM9SF1-202ENST00000396854 2055 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 KIAA1683-209ENST00000612316 2684 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 MAGIX-208ENST00000616266 3295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 UMODL1-203ENST00000400424 5516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 KCTD3-201ENST00000259154 3931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ACIN1-203ENST00000357481 2563 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC092506.1-201ENST00000634580 2275 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC215219.1-201ENST00000400706 1817 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 RAB11FIP1-201ENST00000287263 6253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ADGRG2-207ENST00000379869 4768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 APBB1-221ENST00000609360 2642 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 FBXL12-201ENST00000247977 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 PRAMEF8-202ENST00000614831 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 PRAMEF7-202ENST00000616979 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 UCKL1-AS1-201ENST00000623569 3602 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 EEF1A1-202ENST00000316292 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 OSGIN1-201ENST00000343939 2391 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 BATF-201ENST00000286639 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 C9orf16-201ENST00000372994 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ZG16B-201ENST00000382280 831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ERBB3-202ENST00000411731 1027 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AL162457.2-202ENST00000442888 679 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 GLIS3-AS1-201ENST00000451340 734 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 LCN10-203ENST00000474369 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 DNAJC19-209ENST00000491873 769 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CACNA2D4-208ENST00000538027 952 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AP001453.3-201ENST00000545800 853 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC023310.1-201ENST00000554836 735 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC108134.4-201ENST00000570700 302 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC093326.2-201ENST00000640770 729 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC026992.2-202ENST00000565312 1934 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CD68-202ENST00000380498 1771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ARMCX6-207ENST00000538627 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 SHTN1-204ENST00000392903 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 TRPM1-203ENST00000542188 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 C1QTNF9-201ENST00000332018 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 PXDNL-201ENST00000356297 4805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 KCNJ2-202ENST00000535240 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ELF3-202ENST00000367283 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 FGFR3-203ENST00000352904 3733 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CELF2-206ENST00000608830 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC010547.4-201ENST00000561754 1378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 TNFRSF10C-201ENST00000356864 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ST7L-207ENST00000369669 1743 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 C11orf16-201ENST00000326053 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 MBP-204ENST00000382582 2281 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CCDC51-201ENST00000395694 1560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 STRADA-243ENST00000640086 1925 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 SYP-201ENST00000263233 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ARHGAP4-203ENST00000370028 3372 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 SAFB-201ENST00000292123 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 PRKAG2-215ENST00000492843 2699 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 PCDHGB5-202ENST00000621169 2670 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 TMCO3-202ENST00000434316 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 NRSN2-201ENST00000382285 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 NREP-204ENST00000419114 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CSF2RBP1-201ENST00000447905 391 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 HIST2H2BB-201ENST00000449108 381 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 LLPH-AS1-201ENST00000510317 623 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 MSC-AS1-204ENST00000518916 864 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AC090099.4-201ENST00000527671 1027 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 IFITM1-204ENST00000528780 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ORAOV1-211ENST00000542341 775 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 LINC01887-202ENST00000584734 860 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 TUBB6-210ENST00000590967 430 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 EDDM13-208ENST00000637802 854 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 MVK-217ENST00000639206 367 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ABTB2-201ENST00000435224 4902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CDK2AP1-205ENST00000542174 1812 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 STOML1-206ENST00000561656 1833 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 RLF-201ENST00000372771 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 PPP1R13L-202ENST00000418234 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 DNAJC27-201ENST00000264711 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 GPANK1-205ENST00000375906 2793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms