Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 OST4-201ENST00000429985 559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 LINC01278-201ENST00000433061 529 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AL355537.2-201ENST00000453367 375 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ZNF576-205ENST00000529930 830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ANAPC11-221ENST00000584314 559 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC003043.1-201ENST00000588260 337 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 APOC4-202ENST00000592954 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PGPEP1-203ENST00000595066 762 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 LINC01278-206ENST00000610088 554 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PROX1-AS1-235ENST00000628896 711 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SPRY1-207ENST00000610581 2608 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 FAM189A2-201ENST00000257515 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CEP250-201ENST00000397524 1419 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CD8A-201ENST00000283635 2873 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AFAP1L2-202ENST00000369271 3964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TUBA3C-202ENST00000618094 1386 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 KCTD1-203ENST00000417602 1705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 FXYD3-208ENST00000604404 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PORCN-204ENST00000361988 1672 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 BRD7P5-201ENST00000299197 1822 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 LILRA2-203ENST00000391737 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC055854.1-203ENST00000521141 1630 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 IGHV5-51-201ENST00000390626 410 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 GAS5-209ENST00000430245 723 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 RLN3-201ENST00000431365 580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SCARNA12-201ENST00000459155 270 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ATP6V0E2-AS1-201ENST00000461019 2973 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC113391.2-201ENST00000512245 553 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 IGHV1-12-201ENST00000518307 205 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 GSTZ1-210ENST00000554279 795 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 IGHV3OR15-7-201ENST00000558565 359 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ACSM5-206ENST00000575584 1130 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 DRG2-220ENST00000583355 891 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AP005264.1-201ENST00000586226 733 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 C19orf70-203ENST00000587589 577 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AAMP-202ENST00000420660 1761 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 BFAR-203ENST00000562442 1414 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 GK-204ENST00000378945 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 RAI2-204ENST00000451717 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ADAMTS1-201ENST00000284984 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC237221.1-201ENST00000561575 1881 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 FUCA1P1-201ENST00000374476 1351 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MYZAP-202ENST00000380565 2181 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SPAAR-203ENST00000636776 1538 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 BABAM2-204ENST00000379624 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 RAB37-216ENST00000613645 1653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 EFEMP1-202ENST00000394555 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 RALYL-207ENST00000521695 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PRPS1-204ENST00000372435 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ATG9B-212ENST00000639579 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ZNF384-202ENST00000355772 2514 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 VEGFA-201ENST00000230480 993 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TFAP2A-201ENST00000319516 2035 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PTGER4P2-201ENST00000328411 252 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 DOK1-202ENST00000340004 1722 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 LEMD1-205ENST00000367154 786 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 APOA1-203ENST00000375320 940 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SAT1-201ENST00000379251 801 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SAT1-202ENST00000379253 909 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SAT1-203ENST00000379254 868 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SAT1-204ENST00000379270 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ANG-202ENST00000397990 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ERG-207ENST00000398919 1868 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CFAP36-203ENST00000403007 759 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC018814.1-201ENST00000418972 357 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC006329.1-201ENST00000419422 705 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PSG4-203ENST00000433626 1887 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 KCNK16-204ENST00000437525 981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PTGER4P3-201ENST00000458150 252 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TRBC2-201ENST00000466254 758 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 RN7SL564P-201ENST00000496309 250 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC122719.1-201ENST00000507989 559 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 HINT1-205ENST00000508488 703 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC095040.1-201ENST00000513286 675 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CYB561A3-208ENST00000536915 1094 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 FAM60A-207ENST00000542983 738 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 METAP2-205ENST00000546753 1862 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.7 ms