Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC140Q96MF4 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms