Protein–RNA interactions for Protein: Q96M19

LINC00477, Putative transmembrane protein encoded by LINC00477, humanhuman

Predictions only

Length 166 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00477Q96M19 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
LINC00477Q96M19 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC16.96■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
LINC00477Q96M19 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms