Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC112Q8NEF3 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC112Q8NEF3 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms