Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 ATG13-205ENST00000525850 562 ntTSL 48.98□□□□□ -0.972e-8■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 UBE2D3-227ENST00000508818 584 ntTSL 28.71□□□□□ -1.022e-8■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 UBE2D3-206ENST00000357194 660 ntTSL 2 BASIC8.38□□□□□ -1.072e-8■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 ATG13-209ENST00000527907 662 ntTSL 28.15□□□□□ -1.12e-8■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 UBE2D3-223ENST00000508249 604 ntTSL 48.13□□□□□ -1.112e-8■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 UBE2D3-204ENST00000349311 838 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC8.03□□□□□ -1.122e-8■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 UBE2D3-202ENST00000338145 896 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC7.81□□□□□ -1.162e-8■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 UBE2D3-222ENST00000508238 547 ntTSL 46.83□□□□□ -1.322e-8■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 ATG13-212ENST00000528704 574 ntTSL 56.82□□□□□ -1.322e-8■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.496e-10■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC14.53□□□□□ -0.086e-10■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 LINC01089-205ENST00000536662 560 ntTSL 4 BASIC12.66□□□□□ -0.386e-10■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 LINC01089-204ENST00000535643 1014 ntTSL 1 (best)12.16□□□□□ -0.466e-10■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 LINC01089-212ENST00000545885 559 ntTSL 26.8□□□□□ -1.326e-10■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 AGFG1-207ENST00000458212 815 ntTSL 23.8□□□□□ -1.82e-6■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.313e-6■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC16.75■□□□□ 0.273e-6■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 C20orf204-202ENST00000431158 2954 ntTSL 1 (best)18.56■□□□□ 0.566e-13■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 C20orf204-203ENST00000444463 4303 ntTSL 1 (best)17.75■□□□□ 0.436e-13■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.46e-13■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 MTUS1-204ENST00000381869 6256 ntTSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.011e-13■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 MTUS1-229ENST00000634613 1193 ntTSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.361e-13■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 MTUS1-219ENST00000521772 575 ntTSL 311.41□□□□□ -0.581e-13■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 MTUS1-222ENST00000522757 490 ntTSL 47.64□□□□□ -1.191e-13■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 MTUS1-205ENST00000517413 4303 ntTSL 27.43□□□□□ -1.221e-13■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 MTUS1-201ENST00000262102 6160 ntTSL 1 (best) BASIC5.69□□□□□ -1.51e-13■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 MTUS1-203ENST00000381861 3996 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC5.28□□□□□ -1.561e-13■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 MTUS1-209ENST00000518713 1162 ntTSL 55.27□□□□□ -1.571e-13■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 MTUS1-217ENST00000520196 5205 ntTSL 1 (best)5.27□□□□□ -1.571e-13■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 MTUS1-216ENST00000519263 4089 ntTSL 2 BASIC4.84□□□□□ -1.631e-13■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 MTUS1-202ENST00000297488 3731 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.661e-13■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 MTUS1-228ENST00000544260 3650 ntTSL 2 BASIC3.3□□□□□ -1.881e-13■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 SPHK1-208ENST00000591651 541 ntTSL 419.07■□□□□ 0.642e-6■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 RTKN-208ENST00000479256 564 ntTSL 514.47□□□□□ -0.092e-7■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 IP6K2-228ENST00000491686 662 ntTSL 24.65□□□□□ -1.671e-6■□□□□ 10.5
SF3A3Q12874 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC14.16□□□□□ -0.145e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.195e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 ZNF789-204ENST00000448667 1055 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.295e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 ZNF789-208ENST00000481472 411 ntTSL 413.21□□□□□ -0.295e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 ZNF789-203ENST00000447047 842 ntTSL 512.78□□□□□ -0.365e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 FUS-207ENST00000487974 643 ntTSL 214.65□□□□□ -0.061e-323■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TRAPPC12-211ENST00000452495 544 ntTSL 413.5□□□□□ -0.253e-9■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TRAPPC12-223ENST00000497597 3401 ntTSL 212.16□□□□□ -0.463e-9■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TRAPPC12-217ENST00000473348 491 ntTSL 511.95□□□□□ -0.53e-9■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TRAPPC12-206ENST00000417243 1047 ntTSL 511.82□□□□□ -0.523e-9■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TRAPPC12-207ENST00000433382 578 ntTSL 511.52□□□□□ -0.573e-9■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TTC38-204ENST00000422713 828 ntTSL 511.49□□□□□ -0.573e-9■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TRAPPC12-205ENST00000416918 473 ntTSL 311.03□□□□□ -0.643e-9■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TRAPPC12-204ENST00000415624 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 510.5□□□□□ -0.733e-9■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TRAPPC12-216ENST00000469400 720 ntTSL 210.31□□□□□ -0.763e-9■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TRAPPC12-213ENST00000461577 677 ntTSL 29.59□□□□□ -0.873e-9■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TRAPPC12-222ENST00000493792 567 ntTSL 29.48□□□□□ -0.893e-9■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TRAPPC12-208ENST00000437733 518 ntTSL 56.29□□□□□ -1.43e-9■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.782e-7■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.362e-7■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.782e-7■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TSPAN4-210ENST00000464987 2205 ntTSL 519.81■□□□□ 0.764e-13■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.732e-7■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.672e-7■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.572e-7■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 MFSD10-203ENST00000503596 1589 ntTSL 518.56■□□□□ 0.562e-7■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.512e-7■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TMEM55B-207ENST00000557041 3453 ntTSL 216.83■□□□□ 0.282e-7■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 MFSD10-204ENST00000507272 1575 ntTSL 516.17■□□□□ 0.182e-7■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TSPAN4-216ENST00000526055 469 ntTSL 216.15■□□□□ 0.184e-13■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 SGK1-205ENST00000413996 2686 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.143e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 LMF2-204ENST00000505981 824 ntTSL 515.44■□□□□ 0.062e-7■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TSPAN4-213ENST00000524895 401 ntTSL 415.18■□□□□ 0.024e-13■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 MFSD10-208ENST00000509676 1178 ntTSL 514.89□□□□□ -0.032e-7■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC14.05□□□□□ -0.164e-13■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TSPAN4-220ENST00000532375 518 ntTSL 512.62□□□□□ -0.394e-13■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 SGK1-204ENST00000367858 3201 ntTSL 1 (best) BASIC12.54□□□□□ -0.43e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TMEM55B-206ENST00000556093 277 ntTSL 211.48□□□□□ -0.572e-7■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 NRBP1-205ENST00000419281 674 ntTSL 310.99□□□□□ -0.652e-7■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 SGK1-202ENST00000367855 2422 ntTSL 510.72□□□□□ -0.693e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 SGK1-203ENST00000367857 2414 ntTSL 1 (best) BASIC10.32□□□□□ -0.763e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 SGK1-201ENST00000237305 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.11□□□□□ -0.793e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 TMEM55B-205ENST00000554028 1118 ntTSL 210.11□□□□□ -0.792e-7■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 SGK1-211ENST00000475719 1383 ntTSL 2 BASIC8.68□□□□□ -1.023e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 SGK1-223ENST00000528577 1850 ntTSL 1 (best) BASIC8.16□□□□□ -1.13e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 SGK1-210ENST00000474427 5474 ntTSL 25.46□□□□□ -1.543e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.18e-10■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.928e-10■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.268e-10■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.248e-10■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 C16orf58-210ENST00000568491 2422 ntTSL 216.39■□□□□ 0.218e-10■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 HNRNPA2B1-203ENST00000360787 1724 ntTSL 515.6■□□□□ 0.093e-22■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 HNRNPA2B1-204ENST00000463181 6284 ntTSL 215.49■□□□□ 0.073e-22■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 HNRNPA2B1-208ENST00000618183 3539 ntTSL 5 BASIC12.04□□□□□ -0.483e-22■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 HNRNPA2B1-201ENST00000354667 3664 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9□□□□□ -0.973e-22■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 MAT2A-206ENST00000490878 565 ntTSL 33.22□□□□□ -1.891e-10■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 AJUBA-203ENST00000397388 2648 ntTSL 2 BASIC9.52□□□□□ -0.891e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 AJUBA-206ENST00000553911 567 ntTSL 58.99□□□□□ -0.971e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 AJUBA-204ENST00000553592 418 ntTSL 56.22□□□□□ -1.411e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 AJUBA-208ENST00000556731 651 ntTSL 46.22□□□□□ -1.411e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 SEMA3B-203ENST00000419007 3283 ntTSL 216.55■□□□□ 0.241e-6■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.082e-13■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 MTUS1-223ENST00000523183 570 ntTSL 49.32□□□□□ -0.922e-13■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 MTUS1-207ENST00000517818 578 ntTSL 47.64□□□□□ -1.192e-13■□□□□ 10.4
SF3A3Q12874 MTUS1-218ENST00000521635 546 ntTSL 47.47□□□□□ -1.212e-13■□□□□ 10.4
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