Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 MAP3K3-203ENST00000577395 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 TMBIM6-203ENST00000423828 3254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 OPRL1-201ENST00000336866 3321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CHL1-202ENST00000397491 5235 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC009093.2-202ENST00000620513 2079 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ELL-201ENST00000262809 4027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 OXA1L-202ENST00000358043 1750 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PLPPR1-201ENST00000374874 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 UBA1-202ENST00000377269 2497 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PDYN-AS1-201ENST00000446562 1802 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CD3EAP-202ENST00000589804 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 KIAA1468-202ENST00000398130 6178 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AL021395.1-201ENST00000611791 2232 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 SYT9-201ENST00000318881 3955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 MBP-204ENST00000382582 2281 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 LINC00639-201ENST00000553932 4496 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 RAB41-201ENST00000276066 1071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 FGFR1-201ENST00000326324 3816 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ZNRD1-201ENST00000332435 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 FCRLB-201ENST00000336830 1193 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 RAB41-202ENST00000374473 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 IL32-222ENST00000533097 814 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 RN7SL48P-201ENST00000579283 293 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CCL5-202ENST00000605140 1244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC024941.2-201ENST00000625763 493 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 MVK-217ENST00000639206 367 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 IL32-201ENST00000008180 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 FAM90A12P-201ENST00000519497 2375 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 FAM90A24P-201ENST00000520792 2369 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ANO10-202ENST00000350459 2039 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 DIS3L2-205ENST00000409401 2048 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AL138709.1-201ENST00000614840 1693 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 TDRD12-202ENST00000444215 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 C12orf73-201ENST00000378090 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 LCMT1-203ENST00000399069 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CYP1B1-AS1-201ENST00000413828 1781 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 MAN2B2-202ENST00000504248 2968 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 LRRC20-201ENST00000355790 3414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 KIAA0141-201ENST00000194118 2203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 HELLS-202ENST00000348459 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 COASY-211ENST00000590958 1976 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 TMEM237-202ENST00000409444 5592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC008429.1-202ENST00000518818 2067 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 TJP2-208ENST00000535702 3984 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 TSEN2-202ENST00000402228 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 SMARCA4-207ENST00000541122 5139 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PGLYRP2-201ENST00000292609 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CLN8-204ENST00000519254 1769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 NAT8-201ENST00000272425 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PDZK1IP1-201ENST00000294338 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 IL32-218ENST00000530890 774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AP000439.4-201ENST00000567742 664 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 P2RX3-201ENST00000263314 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 MYD88-201ENST00000396334 2850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 TLE3-203ENST00000451782 2356 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PTPN21-201ENST00000328736 6089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PELP1-212ENST00000574876 3465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 POMK-201ENST00000331373 1865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 KRT8P28-201ENST00000433288 1390 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ASAH1-258ENST00000637790 3042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ITPKB-201ENST00000272117 5822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 FXR1-214ENST00000480918 1996 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ELN-210ENST00000380584 3214 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PGAP2-201ENST00000278243 2062 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PHTF2-206ENST00000422959 3525 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 TRMO-203ENST00000375119 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ACSF2-202ENST00000427954 2251 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 HLA-DQB1-205ENST00000434651 1642 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PTBP1-221ENST00000635647 3691 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 FAM122A-201ENST00000394264 4575 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC097376.2-205ENST00000610159 5334 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 SOX21-AS1-201ENST00000438290 3287 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 NBEA-208ENST00000629018 10791 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CASP8-202ENST00000264275 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 MCC-202ENST00000408903 3476 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 SCYL1-205ENST00000524944 2715 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 PTPRA-201ENST00000216877 3725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 FAM8A1-201ENST00000259963 4677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIMA1Q9UHB6 GABARAPL2-201ENST00000037243 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54 ms