Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 COQ3-201ENST00000254759 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 LGALS12-202ENST00000340246 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 P3H1-202ENST00000296388 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PAIP2-202ENST00000394795 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CCND3-201ENST00000372987 2233 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ZNF586-202ENST00000396150 1977 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AL353803.2-201ENST00000436510 1846 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 DEPDC7-201ENST00000241051 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ZNF691-206ENST00000372508 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 C20orf96-202ENST00000382369 1420 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ATF4-202ENST00000396680 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 TMEM176B-204ENST00000447204 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AL136172.1-201ENST00000598590 1394 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 TEKT4P2-202ENST00000559466 1312 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 OR2K2-201ENST00000302681 1078 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 HIST1H2AE-201ENST00000303910 509 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PYY2-201ENST00000315776 282 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 MAPK13-202ENST00000373759 1036 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CYB561D1-203ENST00000393709 620 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CCL24-202ENST00000416943 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 KRT18P46-201ENST00000435568 1279 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SERBP1P2-201ENST00000436888 1164 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC004540.1-204ENST00000449537 727 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 RN7SL582P-201ENST00000491078 279 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC083801.1-201ENST00000491689 358 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CD164-210ENST00000512821 964 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC007376.2-201ENST00000556271 540 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SRP14-204ENST00000558720 780 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC005154.1-232ENST00000582549 556 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 BRSK1-203ENST00000585418 1104 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 FTLP5-201ENST00000586853 534 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 LINC00244-201ENST00000625073 613 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CNTNAP2-225ENST00000639247 2064 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PCED1B-201ENST00000432328 1862 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 NOP14-AS1-201ENST00000503709 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 GPD1-205ENST00000548814 1591 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 IQCJ-201ENST00000397832 1460 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 THUMPD3-210ENST00000515662 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ZNF226-201ENST00000300823 817 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 KRTAP2-2-201ENST00000398477 733 ntAPPRIS P2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 XG-202ENST00000419513 979 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 OR8T1P-201ENST00000421347 918 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 TAGLN3-203ENST00000455401 1164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC063952.3-201ENST00000467756 308 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AC112487.1-201ENST00000498032 1097 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 RNA5SP406-201ENST00000516106 112 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 TREHP1-201ENST00000531328 465 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 USB1-205ENST00000561743 1135 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 ANKRD20A21P-201ENST00000611282 517 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 LINC00969-294ENST00000627609 992 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 AL138720.1-201ENST00000629853 778 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 HELLS-212ENST00000630929 400 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL6A1P12109 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.6 ms