Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 RHOXF1P1-202ENST00000635473 501 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 AC015802.1-201ENST00000588104 1449 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 ATL3-203ENST00000538786 1920 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 MICB-201ENST00000252229 2446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 OPN4-202ENST00000372071 2401 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 ALDH8A1-204ENST00000367847 1587 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 ST3GAL3-208ENST00000361392 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 E2F6-201ENST00000307236 3317 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 FGD5-AS1-202ENST00000424349 3792 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 PRDM15-201ENST00000269844 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 ATP2A3-202ENST00000352011 3274 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 SLC11A2-204ENST00000541174 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 MLF1-217ENST00000619577 2290 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 MEIOC-201ENST00000409122 4604 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 LPAR5-201ENST00000329858 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 LRRC34-208ENST00000522830 1781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 SIGLEC6-202ENST00000346477 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 SNAP91-213ENST00000521485 4521 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 KCNN2-201ENST00000264773 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 ITSN1-212ENST00000399367 5722 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 TPD52-201ENST00000379096 4041 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 ALG5-201ENST00000239891 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 CDKN2AIP-201ENST00000302350 2646 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 HOXA3-201ENST00000317201 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 TMCC2-202ENST00000330675 2780 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 SCUBE1-202ENST00000360835 9808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 TNFAIP8L2-201ENST00000368910 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 SNX21-203ENST00000372541 771 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 NCR3-204ENST00000376073 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 POLR1E-202ENST00000377798 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 GRM7-203ENST00000389336 2901 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 MIR1202-201ENST00000408529 83 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 MIR1909-201ENST00000411312 80 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 AL365199.1-201ENST00000421320 1714 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 U82695.1-202ENST00000428676 700 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 CTBP2P5-201ENST00000454986 1264 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 PFN2-215ENST00000497148 743 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 HOXC-AS3-201ENST00000509870 544 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 CEP57L1-208ENST00000519095 908 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 DIO3OS-203ENST00000554441 1068 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 C2orf69P2-201ENST00000562032 1123 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 MIR4683-201ENST00000579659 81 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 RN7SL713P-201ENST00000582127 302 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 CYTH1-201ENST00000361101 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 CYTH1-202ENST00000446868 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 IMPDH1-201ENST00000338791 2881 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 IMPDH1-217ENST00000626419 2862 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 BLOC1S6-212ENST00000566753 1996 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 LINC01864-201ENST00000587218 1661 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 RPP14-202ENST00000445193 7985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 WHRN-202ENST00000362057 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 CA12-202ENST00000344366 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 TMEM41B-204ENST00000528080 3968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 CABP4-201ENST00000325656 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 KCNT1-207ENST00000487664 3845 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 PIDD1-201ENST00000347755 2998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 TOX3-201ENST00000219746 3233 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 ALDOA-209ENST00000563060 1550 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 CAMSAP3-202ENST00000446248 4179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 PRNP-203ENST00000430350 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 MIOS-201ENST00000340080 3453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 BRAT1-201ENST00000340611 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 PTPN5-204ENST00000396170 3871 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 C9orf47-201ENST00000334490 4829 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 PCDHB13-201ENST00000341948 5061 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 LCN9-201ENST00000277526 531 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 FAM27C-201ENST00000377542 616 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 AC026954.1-201ENST00000429771 1293 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 C1QTNF6-203ENST00000434784 975 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 AC234783.1-201ENST00000441761 496 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 MAATS1-203ENST00000463700 939 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 TMEM14B-210ENST00000473276 730 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 AC008808.1-201ENST00000508923 432 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 NAPSB-201ENST00000525179 678 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 PAFAH1B3-202ENST00000538771 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 AC090502.1-201ENST00000549905 748 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 AC090502.1-204ENST00000551210 469 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 LINC00621-201ENST00000577004 1177 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 GADD45B-204ENST00000587345 765 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 TMEM14B-220ENST00000612333 888 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 SLC8B1-202ENST00000546737 1656 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 GJD2-201ENST00000290374 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 GTPBP1-201ENST00000216044 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 STXBP6-201ENST00000323944 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 FAM180B-201ENST00000538490 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HDAC4P56524 AC108134.1-201ENST00000382225 3061 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57 ms