Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 NATD1-201ENST00000611551 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ZFP90-209ENST00000570495 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SLC24A3-201ENST00000328041 3929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SLC17A5-201ENST00000355773 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 VGLL3-202ENST00000398399 10400 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 NFKB2-203ENST00000369966 3101 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 NUP88-207ENST00000573584 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 IGF2BP1-201ENST00000290341 8274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ZMYND15-201ENST00000269289 2448 ntTSL 5 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 REC8-209ENST00000611366 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PNPLA3-203ENST00000423180 2222 ntTSL 2 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TM4SF4-201ENST00000305354 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC020910.5-201ENST00000623668 1865 ntBASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ANKRD11-201ENST00000301030 9301 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AP4M1-201ENST00000359593 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AP4M1-206ENST00000429084 1836 ntTSL 5 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 MEF2C-AS1-210ENST00000514011 1754 ntTSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SUMO1-203ENST00000392246 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC003102.2-201ENST00000589195 1469 ntBASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 KIF17-201ENST00000247986 3969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AL109910.1-201ENST00000452071 1330 ntTSL 2 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 WDR54-201ENST00000348227 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TPM2-202ENST00000360958 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AL136309.1-201ENST00000403917 691 ntBASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AL162457.2-202ENST00000442888 679 ntTSL 5 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 BX324167.1-201ENST00000451118 805 ntTSL 5 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC044849.1-201ENST00000519737 1188 ntBASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC105129.2-201ENST00000559536 390 ntBASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 COG4-212ENST00000564653 590 ntTSL 5 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 KLK3-207ENST00000595952 969 ntTSL 3 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC016629.1-201ENST00000596579 586 ntBASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AP000229.1-202ENST00000609365 559 ntTSL 4 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC244157.2-201ENST00000616239 1006 ntBASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AL137026.1-201ENST00000624407 503 ntTSL 4 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PCM1-202ENST00000327578 8287 ntTSL 5 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 YTHDF3-205ENST00000539294 5163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AP000550.1-201ENST00000420508 4833 ntTSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PCDH10-203ENST00000618019 4574 ntAPPRIS ALT2 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 LINC01565-201ENST00000356020 2697 ntTSL 2 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ZMYND15-204ENST00000573751 2409 ntTSL 2 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 HGSNAT-207ENST00000521576 2332 ntTSL 2 BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 FAM110C-201ENST00000327669 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 FRMD3-201ENST00000304195 5297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ZNF586-203ENST00000396154 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 KDM5B-202ENST00000367264 6449 ntTSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ZC3H14-204ENST00000336693 2007 ntTSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 MAEL-202ENST00000367872 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CSRNP2-201ENST00000228515 4471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 INE2-201ENST00000630399 1874 ntBASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 H6PD-203ENST00000602477 5590 ntTSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CBLN4-201ENST00000064571 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 COG8-206ENST00000306875 4247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PITPNM1-216ENST00000534749 4189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CNDP2-201ENST00000324262 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ABCG4-205ENST00000619701 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ZNF280D-207ENST00000559237 4902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 RCOR2-201ENST00000301459 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PSMD13-203ENST00000431206 1591 ntTSL 2 BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PDHB-206ENST00000474765 1503 ntTSL 5 BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ZNF750-202ENST00000572562 1513 ntTSL 2 BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ACSL1-208ENST00000507295 2490 ntTSL 2 BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 UBE3A-228ENST00000638155 9131 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 RNF182-206ENST00000537388 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 USH1C-207ENST00000527720 2278 ntTSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 SLC35C2-213ENST00000543605 5740 ntTSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 RN7SKP230-201ENST00000365642 335 ntBASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 RAB1A-201ENST00000398529 1198 ntTSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 CYP46A4P-201ENST00000414953 267 ntBASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 RGS5-214ENST00000429865 754 ntTSL 3 BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 NKAIN1P1-201ENST00000435754 582 ntBASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AP000320.1-201ENST00000440403 471 ntTSL 3 BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 TNNT1-203ENST00000536926 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC125603.3-201ENST00000550742 486 ntTSL 3 BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 IGFLR1-211ENST00000592889 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC138649.2-201ENST00000615886 705 ntBASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 WNK1-201ENST00000315939 10452 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 PTPRU-205ENST00000460170 5337 ntTSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 IRAK1-203ENST00000369980 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.57
HOXD3P31249 RAP2B-201ENST00000323534 8351 ntAPPRIS P1 BASIC11.46□□□□□ -0.58
HOXD3P31249 WAPL-201ENST00000263070 5987 ntTSL 5 BASIC11.46□□□□□ -0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms