Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 SLC38A7-207ENST00000564391 731 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AC093525.1-201ENST00000569317 596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 SLC35G4-201ENST00000588001 1017 ntAPPRIS P1 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AL035252.4-201ENST00000624174 288 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 ATP13A2-202ENST00000341676 3681 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 CDIP1-205ENST00000563332 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 PHTF2-206ENST00000422959 3525 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 FBXL12-201ENST00000247977 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 RHOH-218ENST00000613272 1865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 CHST10-203ENST00000409701 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 TAB1-201ENST00000216160 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 SUMO1-203ENST00000392246 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 PATZ1-203ENST00000351933 3638 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 WNT9B-202ENST00000393461 2654 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 GCLC-201ENST00000229416 3813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 PPM1E-201ENST00000308249 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 PRKD1-209ENST00000616995 3498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 CYP1A1-207ENST00000567032 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 NIPA1-201ENST00000337435 6567 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 ATP2B3-202ENST00000349466 4280 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 COBL-203ENST00000395542 5339 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 PIGT-203ENST00000372689 1971 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 COG8-206ENST00000306875 4247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 VWCE-202ENST00000335613 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AC112229.3-201ENST00000603767 3202 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AC013271.1-201ENST00000640669 3202 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 FAM47E-STBD1-204ENST00000515604 3029 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 DMTN-203ENST00000381470 2601 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 ZNF239-203ENST00000426961 2027 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 C1QTNF9-201ENST00000332018 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 SDCBP2-AS1-201ENST00000446423 1811 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 STYXL1-201ENST00000248600 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 TAF5-201ENST00000369839 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 CASC3-201ENST00000264645 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 TPD52L2-202ENST00000346249 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 ALDH1A3-202ENST00000346623 3104 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 KRT8P4-201ENST00000509735 1454 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 ANGPTL8-201ENST00000252453 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 IGLV4-69-201ENST00000390282 419 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 MAATS1-203ENST00000463700 939 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 PFN2-215ENST00000497148 743 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 NDUFC1-210ENST00000539387 725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AL355102.5-201ENST00000554769 572 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 MAP1LC3B2-202ENST00000556529 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AC103988.2-201ENST00000561804 725 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 ANGPTL8-203ENST00000591200 504 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 NTRK2-205ENST00000376208 8178 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 ZKSCAN4-201ENST00000377294 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 NUBPL-201ENST00000281081 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 ITSN1-205ENST00000381291 5437 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AC007240.1-201ENST00000641498 1996 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 SLC35C2-201ENST00000243896 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 RN7SL832P-201ENST00000607781 1756 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 DBNDD1-203ENST00000392973 2689 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 FAM219B-201ENST00000357635 3550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 PSMC5-209ENST00000580864 1552 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 PCDHA4-203ENST00000530339 5251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 KCTD7-206ENST00000639828 5951 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 OS9-204ENST00000389146 2091 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 EXOC6B-202ENST00000410104 5795 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 C20orf166-AS1-203ENST00000475015 2585 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 ADAMTS18-201ENST00000282849 5913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AC041040.2-201ENST00000622926 2899 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 BAIAP2-201ENST00000321280 1939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 NLGN4X-203ENST00000381093 5865 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 TNFAIP8L2-201ENST00000368910 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 SNX21-203ENST00000372541 771 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 NCR3-204ENST00000376073 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 FAM27C-201ENST00000377542 616 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AL445430.1-201ENST00000419796 699 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AC072022.1-201ENST00000450760 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 CTBP2P5-201ENST00000454986 1264 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AP000911.1-202ENST00000532706 543 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AP006333.2-201ENST00000544948 732 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 LINC00621-201ENST00000577004 1177 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 BX088702.1-201ENST00000610784 235 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AC002472.3-201ENST00000640124 621 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 ARHGAP9-213ENST00000550288 2818 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 FARP1-214ENST00000595437 4926 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 IRF9-202ENST00000396864 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HPS3Q969F9 SLC40A1-201ENST00000261024 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.9 ms