Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 MIR6769A-201ENST00000617340 73 ntBASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 AC242376.2-201ENST00000619355 883 ntBASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 COX6A1P2-201ENST00000620597 330 ntBASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 CYP1B1-AS1-221ENST00000627172 995 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 AC004706.3-207ENST00000634823 977 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 SYT3-201ENST00000338916 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 FAM208A-201ENST00000355628 5239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 LINC00900-201ENST00000499809 3322 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 MAGEA12-201ENST00000357916 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 AP000552.1-203ENST00000416615 1930 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 CNN1-201ENST00000252456 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 KRT8P28-201ENST00000433288 1390 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 KIAA0513-207ENST00000567328 1873 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 CDK3-202ENST00000448471 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ARV1-201ENST00000310256 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 BICD2-202ENST00000375512 4636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 EWSR1-204ENST00000333395 1265 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 CITED1-202ENST00000373619 886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 PRTFDC1-202ENST00000376376 741 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 HNRNPA1P27-201ENST00000412087 955 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 LINC01237-201ENST00000415434 573 ntTSL 4 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 PTPA-215ENST00000432124 567 ntTSL 4 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 LINC00431-201ENST00000440735 1189 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 SHANK2-210ENST00000449116 939 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 SNHG14-209ENST00000456576 544 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ZNF124-204ENST00000491356 956 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 AC133961.1-201ENST00000503085 762 ntTSL 3 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 AC011773.1-201ENST00000520129 468 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 CSTF3-206ENST00000524827 693 ntTSL 3 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 FKBP11-212ENST00000552878 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 AC145207.3-201ENST00000576784 529 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ZNF286A-219ENST00000585194 607 ntTSL 4 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 TMEM205-216ENST00000593256 792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 AC103810.10-201ENST00000606504 343 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ADH5-213ENST00000626055 1299 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ZNF596-213ENST00000640035 1163 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 C15orf61-201ENST00000342683 4253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 R3HDM2P2-201ENST00000401880 2116 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 SVOPL-201ENST00000288513 1413 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 GRB7-204ENST00000394211 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 SPO11-203ENST00000371263 1834 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 AL121757.1-201ENST00000430097 1836 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 OGFRL1-201ENST00000370435 8391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 XKR9-203ENST00000520030 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ACTL7B-201ENST00000374667 2379 ntAPPRIS P1 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ASCC2-201ENST00000307790 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ADAM22-204ENST00000398204 9334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 PDP1-203ENST00000517764 2140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 MUC1-203ENST00000342482 537 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 IGHV3-49-201ENST00000390625 439 ntAPPRIS P1 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 STX1A-202ENST00000395154 1022 ntTSL 3 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 IL1R2-203ENST00000441002 1106 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 OR2R1P-201ENST00000441404 914 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 LINC02440-201ENST00000545276 680 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 AC003686.1-201ENST00000550956 1034 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 MIR4750-201ENST00000584564 56 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 RPL17P45-201ENST00000586289 509 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 PARD6G-AS1-205ENST00000589574 647 ntTSL 3 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ZNF772-207ENST00000601768 482 ntTSL 3 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 CUTA-215ENST00000611509 1199 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 MVK-217ENST00000639206 367 ntTSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CHFRQ96EP1 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC14.98□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.9 ms