Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 NFATC4-221ENST00000555453 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 UBXN11-202ENST00000357089 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 EHF-212ENST00000533754 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 EID1-201ENST00000530028 2298 ntAPPRIS P1 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 CROCC-201ENST00000375541 6656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 ELOVL1-201ENST00000372458 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 CAMK2A-203ENST00000398376 1493 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 NF2-205ENST00000361452 5884 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 CCDC197-206ENST00000640978 1429 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 RANBP1-208ENST00000430524 1389 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 AZGP1-202ENST00000411734 2027 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 PLAT-205ENST00000519510 2030 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 IER3-201ENST00000259874 1244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 TSPO-201ENST00000329563 955 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 NOSIP-201ENST00000339093 1000 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 RHCE-202ENST00000340849 1087 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 TXNRD3NB-202ENST00000383572 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 CRYBA2-202ENST00000392096 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 CSH2-203ENST00000392886 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 SHANK2-210ENST00000449116 939 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 RPL18P13-201ENST00000478088 569 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 HLA-J-204ENST00000495278 958 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 BTNL8-205ENST00000505126 1294 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 AC008406.1-201ENST00000509530 541 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 AC105362.1-201ENST00000511234 564 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 FADS2-212ENST00000522639 360 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 FAM86B1-218ENST00000534520 808 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 CYB561A3-219ENST00000544118 1136 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 C14orf132-204ENST00000556728 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 CSH2-206ENST00000560142 749 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 FADS2-215ENST00000574708 385 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 LINC00658-206ENST00000600157 901 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 MEF2C-227ENST00000626391 1182 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 MEF2C-231ENST00000628656 1254 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 SIGLEC11-202ENST00000426971 2479 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 ALAS2-202ENST00000335854 1795 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 PCSK2-205ENST00000536609 2275 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 MAGEB2-201ENST00000378988 1610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 CDH7-203ENST00000536984 3766 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 GRB2-202ENST00000316804 3248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 THBS2-206ENST00000617924 5280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 TM4SF19-203ENST00000446879 1582 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 KIAA1211-206ENST00000541073 4117 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 NTRK2-201ENST00000277120 8633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 CCDC47-201ENST00000225726 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 GOLGA5-201ENST00000163416 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 GTF2IRD1-205ENST00000476977 5868 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 AC011899.2-202ENST00000438047 4302 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 SUOX-204ENST00000394115 2394 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 PCCB-215ENST00000482086 1436 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 NDC1-201ENST00000371429 5134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 KAAG1-201ENST00000274766 1382 ntAPPRIS P1 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 TCL1A-203ENST00000554012 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 JARID2-201ENST00000341776 5755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 SERPING1-204ENST00000378324 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 GUCD1-204ENST00000407471 3482 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 CLDN22-201ENST00000323319 2581 ntAPPRIS P1 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 THEG-202ENST00000346878 1211 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 NPPA-201ENST00000376476 728 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 C9orf24-203ENST00000379126 496 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 SEPT12-202ENST00000396693 1156 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 AL139420.1-201ENST00000439394 653 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 AL645933.1-201ENST00000440087 609 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 AL136309.4-201ENST00000527831 640 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 AC007376.2-201ENST00000556271 540 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 PSENEN-203ENST00000591949 833 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 AC133540.1-201ENST00000620845 1019 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 RBM8A-206ENST00000632555 751 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 MINK1-201ENST00000347992 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 ZFPM2-201ENST00000407775 4700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 C12orf76-209ENST00000615315 1580 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 AC138904.3-201ENST00000635780 2681 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 ROBO3-201ENST00000397801 4569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 ROBO3-220ENST00000538940 4551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 AL133338.1-201ENST00000565695 1517 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 TLE3-223ENST00000560939 3021 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 CAMKK2-201ENST00000324774 5598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 HOXC12-201ENST00000243103 3335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 UCN2-201ENST00000273610 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 STOML1-206ENST00000561656 1833 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 AP002990.1-202ENST00000496634 5064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 LINC00887-202ENST00000414120 2880 ntTSL 3 BASIC18.83■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 AP000866.1-201ENST00000499143 2886 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
CHMP4AQ9BY43 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40 ms