Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CD8B-204ENST00000393759 1096 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 FGF13-204ENST00000436198 1165 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 REEP1-202ENST00000453231 940 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 SERPINA13P-202ENST00000478994 924 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AC108134.4-201ENST00000570700 302 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CRHR1-208ENST00000577353 1206 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 RPS5-209ENST00000601521 1203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AL590644.3-201ENST00000635428 1228 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 TMEM51-204ENST00000428417 1942 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 C14orf180-203ENST00000557649 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CAPN7-201ENST00000253693 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 TNFSF13-202ENST00000349228 2036 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CEP63-212ENST00000513612 2903 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PMP22-209ENST00000612492 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PALLD-215ENST00000512127 2958 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PAF1-201ENST00000221265 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 GCNT7-201ENST00000243913 2064 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AC005264.1-201ENST00000587587 2319 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 NACC1-201ENST00000292431 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 XPO6-201ENST00000304658 4422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 IFNAR1-201ENST00000270139 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 OPA1-204ENST00000361828 6381 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CPEB1-211ENST00000615198 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 SLC41A1-201ENST00000367137 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AC106881.1-201ENST00000605849 3329 ntBASIC17.39■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 GPD1L-201ENST00000282541 4060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 FUNDC2-201ENST00000369498 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 GNAI2-207ENST00000451956 1486 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 FOSL2-201ENST00000264716 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ITPRIPL2-201ENST00000381440 7247 ntAPPRIS P1 BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 SLC1A5-201ENST00000412532 1750 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 GSDMA-203ENST00000635792 1546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 SST-201ENST00000287641 618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AC016700.1-201ENST00000429424 312 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 CHL1-AS2-203ENST00000452919 726 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ATP6V0CP2-201ENST00000469409 207 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AC021723.1-201ENST00000486306 515 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AC007406.3-201ENST00000537295 1063 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AP000438.1-201ENST00000543624 749 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AL445288.1-201ENST00000610846 654 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AC022748.3-201ENST00000621828 275 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 SFTA2-203ENST00000634371 815 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AC068587.10-201ENST00000641210 219 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 TGOLN2-203ENST00000398263 6138 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AL139082.1-201ENST00000613982 3433 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AQP1-201ENST00000311813 2913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 MYLK3-201ENST00000394809 6911 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 NEURL1-201ENST00000369780 4314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 TBK1-201ENST00000331710 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 PPP1CA-201ENST00000312989 1389 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ZNF800-201ENST00000265827 4203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 MAMLD1-203ENST00000370401 4854 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 HMBOX1-210ENST00000523613 1730 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 MAGEA2-209ENST00000623806 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ELOA-204ENST00000613537 4924 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 COL5A1-208ENST00000618395 8437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 CFLAR-204ENST00000341582 2056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 CTXND1-201ENST00000560778 6890 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 NEBL-203ENST00000417816 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ZMYND15-201ENST00000269289 2448 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 RBFOX2-201ENST00000262829 1538 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 NFIX-208ENST00000587260 1537 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 RPTOR-201ENST00000306801 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 NF2-205ENST00000361452 5884 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 INTS14-204ENST00000442903 1863 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 YIPF3-202ENST00000372422 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 FZR1-201ENST00000313639 1215 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 CSH2-201ENST00000336844 1173 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 CSH2-202ENST00000345366 598 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 MRPL43-206ENST00000370236 866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 MRPL43-207ENST00000370241 824 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 IP6K2-205ENST00000413298 792 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 MNX1-AS2-201ENST00000429228 374 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AL157935.2-201ENST00000476274 1071 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ADM-202ENST00000524948 584 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ANO1-AS1-201ENST00000524987 646 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AC093525.1-201ENST00000569317 596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 SIDT1-202ENST00000393830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 CNOT9-208ENST00000542068 3259 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 LPAR1-203ENST00000374431 3637 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 NDFIP2-201ENST00000218652 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.4 ms