Protein–RNA interactions for Protein: Q8WYN0

ATG4A, Cysteine protease ATG4A, humanhuman

Predictions only

Length 398 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4AQ8WYN0 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 CYTH1-201ENST00000361101 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 CYTH1-202ENST00000446868 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 GRIN1-203ENST00000371550 3940 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 GPN1-201ENST00000264718 2496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 PODN-207ENST00000618387 3065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 LHFPL4-201ENST00000287585 4880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 AC055854.1-203ENST00000521141 1630 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 C9orf139-202ENST00000623196 4990 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 SNX20-202ENST00000330943 2904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 AC026790.1-201ENST00000399760 2941 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 SEMA4F-210ENST00000611975 6007 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 PCDHGA3-203ENST00000619750 2695 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 OR2V1-202ENST00000641318 2665 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 ADAMTS14-202ENST00000373208 5269 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 RMDN3-201ENST00000260385 3138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 PCDHA5-201ENST00000529619 4157 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 CDT1-201ENST00000301019 3240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 KCNH4-201ENST00000264661 3920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 TP53I11-201ENST00000308212 3683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 SMG9-211ENST00000601170 2387 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 ACTL8-202ENST00000617065 1670 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 LILRP2-201ENST00000413439 2127 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 FAM120C-201ENST00000328235 3716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 GPR83-201ENST00000243673 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 E2F3-201ENST00000346618 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 WDR59-201ENST00000262144 5898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 TTC28-AS1-207ENST00000428584 5859 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 FGF12-207ENST00000454309 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 DLEU2-201ENST00000235290 1739 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 TPD52L2-206ENST00000358548 2275 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 AC007969.1-201ENST00000433675 447 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 LRRC74B-201ENST00000442047 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 AC012640.1-201ENST00000509915 688 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 ARL2-204ENST00000529384 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 CYB5D1-202ENST00000570446 570 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 AL136172.1-201ENST00000598590 1394 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 RUBCNL-212ENST00000631139 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 RBL1-201ENST00000344359 3225 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 KCNJ11-204ENST00000528731 2146 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 MYH11-201ENST00000300036 6029 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 TOP3B-201ENST00000357179 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 IGFBP5-201ENST00000233813 6215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 PLCB1-218ENST00000629992 3095 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 RN7SL832P-201ENST00000607781 1756 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 MINDY4-201ENST00000265299 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 AP002990.1-202ENST00000496634 5064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 CELF1-214ENST00000531165 3650 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 ZFP36L1-201ENST00000336440 3026 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 ESRRB-207ENST00000556177 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 LRRC59-203ENST00000576448 1531 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 TAGLN2-202ENST00000368096 1603 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 MBLAC2-202ENST00000514906 1936 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 ZNF785-201ENST00000395216 3282 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 ATE1-201ENST00000224652 4930 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 MYADML-201ENST00000474610 2147 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 ZMYND15-202ENST00000433935 2411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 CLIP2-203ENST00000395060 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 AGO3-201ENST00000246314 3211 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 C1QB-201ENST00000314933 1044 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 AC007319.1-202ENST00000412276 829 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 AC114812.1-204ENST00000449669 728 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 CHD4-201ENST00000357008 6496 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 YIPF3-202ENST00000372422 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 FP565260.2-201ENST00000623476 1599 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 LINC01864-201ENST00000587218 1661 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 RMND1-202ENST00000367303 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 POLR1E-202ENST00000377798 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 INE2-201ENST00000630399 1874 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 CSAD-203ENST00000379846 1962 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
ATG4AQ8WYN0 COL11A2-202ENST00000361917 6104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 116.4 ms