Protein–RNA interactions for Protein: Q13185

CBX3, Chromobox protein homolog 3, humanhuman

Predictions only

Length 183 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CBX3Q13185 APLP2-202ENST00000278756 3687 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 OCRL-201ENST00000357121 5138 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 INIP-203ENST00000374242 4233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 LINC01993-201ENST00000374945 2934 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 SLC29A4-203ENST00000406453 2734 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 C21orf33-202ENST00000348499 1506 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 ZBTB7B-202ENST00000368426 3594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 CADM1-206ENST00000537058 3550 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 NRP2-202ENST00000357118 3367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 AGAP6-202ENST00000412531 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 NUTM2A-AS1-208ENST00000446751 2394 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 AAGAB-207ENST00000561452 2251 ntTSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 ZNF689-201ENST00000287461 3547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 ODF2-213ENST00000448249 2059 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 PATL2-201ENST00000434130 1950 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 AC004997.1-205ENST00000447976 1851 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 CPLX2-201ENST00000359546 5023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 WDR60-202ENST00000407559 3769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 GPRASP1-202ENST00000415986 5877 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 USP19-206ENST00000417901 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 EGOT-201ENST00000414938 1464 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 GRM7-215ENST00000486284 4241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 TGM7-201ENST00000452443 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 TBC1D2-204ENST00000375066 3198 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 NADK-202ENST00000341991 3098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 NCOR2-201ENST00000356219 7226 ntTSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 FAM122C-203ENST00000414371 2119 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 DKKL1-202ENST00000594268 524 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 ZNF846-201ENST00000397902 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 ZFYVE27-205ENST00000370613 2669 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 ANKRD35-201ENST00000355594 3342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 CTRC-201ENST00000375943 3147 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 CELF4-218ENST00000591287 3757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 USP51-201ENST00000500968 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 UPB1-201ENST00000326010 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 LARP7-202ENST00000344442 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 GSDMA-201ENST00000301659 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 KNDC1-202ENST00000368571 3925 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 ITGB2-205ENST00000397850 3178 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 LDLRAD4-203ENST00000399848 8633 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 KLHL13-209ENST00000545703 3322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 FAM122B-202ENST00000343004 4326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 SIRPA-203ENST00000400068 4201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 C12orf76-205ENST00000548191 2204 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 RFTN1-203ENST00000432519 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 RBM15-204ENST00000617047 3284 ntTSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 AMT-239ENST00000636865 1914 ntTSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 UHMK1-203ENST00000538489 8446 ntTSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 RMDN1-201ENST00000406452 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 GAS6-AS1-201ENST00000458001 7169 ntTSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 DDR1-262ENST00000508312 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 AC018529.2-202ENST00000611482 3087 ntBASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 MICAL1-208ENST00000630715 3678 ntTSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 TNS2-203ENST00000379902 4737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
CBX3Q13185 FAM198B-201ENST00000296530 4985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.2 ms