Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AL672207.1-201ENST00000328462 1570 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 RBPMS-204ENST00000397323 2941 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 REXO1L2P-201ENST00000425429 2069 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC021305.1-201ENST00000520656 1514 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 TMPRSS4-211ENST00000522307 1634 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ZC3H14-204ENST00000336693 2007 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC023090.2-201ENST00000625182 2110 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 GJB1-203ENST00000374029 1587 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 CCNH-201ENST00000256897 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 RANBP1-208ENST00000430524 1389 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AL513315.1-201ENST00000640756 1370 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 TMSB15A-201ENST00000289373 685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 GDPGP1-201ENST00000329600 1193 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 Metazoa_SRP.6-201ENST00000366384 298 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 IGLC1-201ENST00000390321 460 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 FAM92A-202ENST00000423990 914 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC019118.2-201ENST00000425776 718 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 CSNK1G2P1-201ENST00000442675 955 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ASGR2-203ENST00000446679 879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 TMEM222-204ENST00000466759 368 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 FAHD2CP-203ENST00000467292 965 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 C3orf38-204ENST00000486971 1259 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ANO1-AS2-202ENST00000533327 498 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 TUBB3-208ENST00000555576 572 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC027139.1-201ENST00000565286 951 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PEBP1P2-201ENST00000603980 558 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 MVK-217ENST00000639206 367 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 RAI1-207ENST00000640861 5172 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 KCNN2-201ENST00000264773 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 LETMD1-235ENST00000552739 1713 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC068580.4-201ENST00000636615 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PSMD13-203ENST00000431206 1591 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 DRC3-202ENST00000399182 1923 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 RBM4B-201ENST00000310046 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ADARB2-AS1-201ENST00000381301 625 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 TRBV4-1-201ENST00000390357 373 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 TRBV4-2-201ENST00000390392 455 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 KLK11-203ENST00000391804 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 CXCL12-205ENST00000395794 1052 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ATP6V1E1-202ENST00000399796 1208 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 RN7SKP109-201ENST00000410592 316 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AL139125.1-201ENST00000420395 557 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ERP29P1-201ENST00000442902 706 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC244197.1-201ENST00000456494 951 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 RN7SL494P-201ENST00000461517 304 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AL691482.3-201ENST00000504773 987 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PGAM1P12-201ENST00000505622 748 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC026191.1-204ENST00000517846 608 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AP002387.1-201ENST00000529369 680 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PIGT-208ENST00000545755 1158 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC104961.2-201ENST00000578129 663 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SNHG15-205ENST00000580458 710 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 RN7SL357P-201ENST00000581065 298 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC005759.1-202ENST00000599416 415 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.1 ms