Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 PTPRO-202ENST00000348962 5061 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 HSPA8P5-201ENST00000456928 2069 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 DEGS2-201ENST00000305631 4352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 FOXL1-201ENST00000320241 3655 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 TEX44-201ENST00000313965 1383 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 PIK3CD-206ENST00000536656 5483 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 PIK3CD-208ENST00000628140 5483 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 ACSL1-208ENST00000507295 2490 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 COG3-201ENST00000349995 4498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 TRIM17-203ENST00000366697 2652 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 CIT-219ENST00000612548 1799 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 PSMG3-AS1-201ENST00000437621 5701 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 NAA60-203ENST00000414063 2619 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 CCNG1-202ENST00000393929 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 UBASH3A-203ENST00000398367 1733 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 WDR77-201ENST00000235090 2576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 DDX49-214ENST00000629999 1912 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 NCR3-201ENST00000340027 1042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 PFDN6-202ENST00000374607 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 PFDN6-203ENST00000374610 521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 GATD1-203ENST00000397472 790 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 CDRT15-201ENST00000420162 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 ADAMTSL1-210ENST00000431052 824 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 CDRT15-202ENST00000431716 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 LINC02158-201ENST00000432377 897 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 AP000345.1-201ENST00000454863 569 ntTSL 4 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 LINC02109-201ENST00000565798 869 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 APOBEC3H-206ENST00000613677 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 PKIG-204ENST00000372889 1489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 DNAJC19-201ENST00000382564 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 SPRY2-201ENST00000377102 2708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 RASGEF1A-202ENST00000374459 3264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 WASH3P-204ENST00000558784 1644 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 PITPNM1-216ENST00000534749 4189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 FOXRED2-201ENST00000216187 3933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 ATP2B3-202ENST00000349466 4280 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 NEDD4L-205ENST00000400345 3647 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 HIF3A-202ENST00000244303 2250 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 RTEL1-201ENST00000318100 4676 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 CNTNAP3P2-201ENST00000617175 3861 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 KIF21A-202ENST00000361961 6601 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 PAF1-204ENST00000595564 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 NDUFC1-201ENST00000394223 598 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 KSR1-207ENST00000578981 748 ntTSL 4 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 AC010336.6-201ENST00000595107 528 ntTSL 4 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 TTC28-AS1-219ENST00000454741 5064 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 AMMECR1-203ENST00000372059 3052 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 MYD88-203ENST00000417037 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 GLIS2-201ENST00000262366 4469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 LINC02396-202ENST00000550636 2324 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 GP1BA-202ENST00000611961 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 WIZ-207ENST00000599910 4609 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 KHSRPP1-201ENST00000427983 1768 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 ETV4-203ENST00000538265 2147 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF28-202ENST00000296799 4424 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 GGT5-202ENST00000327365 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 ZW10-201ENST00000200135 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 CCT7-201ENST00000258091 1916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 TPO-205ENST00000382201 2956 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 TANGO2-205ENST00000401886 1559 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 AL590132.1-202ENST00000638983 4184 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 NR1H3-221ENST00000481889 1704 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 ATP2C1-214ENST00000508532 4969 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP36-201ENST00000276211 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 KCTD3-201ENST00000259154 3931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 CDK5RAP3-201ENST00000338399 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 AC112229.3-201ENST00000603767 3202 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 AC013271.1-201ENST00000640669 3202 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 SPRY1-208ENST00000622283 2352 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 B3GNT7-201ENST00000287590 3706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 ITGB4-206ENST00000579662 5554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 PRR30-201ENST00000335524 2008 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 ADCY2-201ENST00000338316 6575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 MTRF1L-202ENST00000367231 3539 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 DAB2IP-201ENST00000259371 5469 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMA1Q9UHB6 AC130686.1-201ENST00000622936 2466 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 86.7 ms