Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CUX1P39880 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 LINC00900-201ENST00000499809 3322 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 EFHD1-207ENST00000611312 1490 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 DDX49-214ENST00000629999 1912 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 ZNF226-201ENST00000300823 817 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 OTOS-201ENST00000319460 566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 GEMIN8P4-201ENST00000380526 729 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 XG-202ENST00000419513 979 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 LINC01523-201ENST00000425385 450 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 TEX36-AS1-202ENST00000446081 749 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 BPIFB5P-201ENST00000457066 1099 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AC005586.2-201ENST00000563946 837 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 C19orf70-203ENST00000587589 577 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 TMEM143-203ENST00000435956 2272 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 KAT5-216ENST00000534650 1875 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 CAMK2A-203ENST00000398376 1493 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CUX1P39880 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 PSMB8-AS1-204ENST00000429600 996 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 LINC00892-203ENST00000454385 686 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 LINC00173-201ENST00000470091 435 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 CISD2-202ENST00000503643 808 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AC010186.1-201ENST00000546259 532 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 LINC02018-201ENST00000608169 1268 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 ANKRD20A21P-201ENST00000611282 517 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 KRT8P43-201ENST00000406052 1458 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 RAB3IL1-201ENST00000301773 2125 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 C7orf57-201ENST00000348904 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 UNC5D-203ENST00000416672 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 SERF1B-204ENST00000506542 1666 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 SMAP1-202ENST00000370452 2491 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 F8-201ENST00000330287 2620 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CUX1P39880 MKRN2-201ENST00000170447 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AC106827.1-201ENST00000366454 431 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 CDKN2C-202ENST00000371761 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AL391832.2-203ENST00000423175 554 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AP001057.1-201ENST00000437557 799 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 PLA2G15-209ENST00000566188 1203 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 ACSM5-206ENST00000575584 1130 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 RN7SL455P-201ENST00000580629 282 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AP005264.5-201ENST00000590066 467 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 CD79B-201ENST00000006750 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 SHANK2-202ENST00000357171 1373 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 C20orf96-202ENST00000382369 1420 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 ZNF79-201ENST00000342483 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 SLC6A13-201ENST00000343164 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 TNNI2-201ENST00000252898 678 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 HIST1H2BJ-201ENST00000339812 381 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 FAM163B-201ENST00000356873 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 TNNI2-202ENST00000381905 706 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 TNNI2-203ENST00000381906 745 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 TNNI2-204ENST00000381911 743 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 SF3B1-204ENST00000414963 651 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AL096772.1-201ENST00000451135 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 LINC00313-207ENST00000451543 413 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 TIMM17B-204ENST00000465150 964 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 IGKV1D-43-201ENST00000468879 532 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 ALG1L3P-201ENST00000503331 765 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 C10orf113-201ENST00000529198 614 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AC092862.1-201ENST00000541534 533 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AC100778.2-201ENST00000580150 483 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 LINC01669-201ENST00000623161 413 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AL109809.1-201ENST00000418979 1367 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 RPL18A-205ENST00000600147 1391 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 CT55-201ENST00000276241 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CUX1P39880 CHRNA1-203ENST00000409219 1466 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 IL18BP-205ENST00000393705 1549 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 BTNL8-203ENST00000400707 1512 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 HPGD-209ENST00000510901 1535 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 LINC01864-201ENST00000587218 1661 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 NOTO-201ENST00000398468 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms