Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
USP3Q9Y6I4 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP3Q9Y6I4 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.4 ms