Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
CCDC140Q96MF4 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.6 ms