Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC42Q96M95 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC42Q96M95 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC42Q96M95 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms