Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG1P18858 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG1P18858 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG1P18858 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG1P18858 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG1P18858 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG1P18858 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG1P18858 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG1P18858 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG1P18858 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG1P18858 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG1P18858 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG1P18858 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG1P18858 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIG1P18858 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIG1P18858 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIG1P18858 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIG1P18858 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIG1P18858 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIG1P18858 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIG1P18858 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
LIG1P18858 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIG1P18858 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIG1P18858 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIG1P18858 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIG1P18858 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIG1P18858 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIG1P18858 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIG1P18858 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIG1P18858 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIG1P18858 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIG1P18858 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIG1P18858 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIG1P18858 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIG1P18858 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIG1P18858 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIG1P18858 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIG1P18858 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIG1P18858 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIG1P18858 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIG1P18858 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIG1P18858 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
LIG1P18858 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIG1P18858 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIG1P18858 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIG1P18858 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
LIG1P18858 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIG1P18858 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIG1P18858 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIG1P18858 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIG1P18858 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIG1P18858 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIG1P18858 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIG1P18858 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIG1P18858 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIG1P18858 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIG1P18858 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIG1P18858 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIG1P18858 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIG1P18858 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIG1P18858 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIG1P18858 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIG1P18858 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIG1P18858 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIG1P18858 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIG1P18858 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIG1P18858 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIG1P18858 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIG1P18858 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIG1P18858 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIG1P18858 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIG1P18858 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIG1P18858 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIG1P18858 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIG1P18858 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
LIG1P18858 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
LIG1P18858 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIG1P18858 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIG1P18858 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIG1P18858 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIG1P18858 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIG1P18858 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIG1P18858 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIG1P18858 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIG1P18858 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIG1P18858 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIG1P18858 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIG1P18858 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
LIG1P18858 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIG1P18858 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
LIG1P18858 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
LIG1P18858 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
LIG1P18858 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIG1P18858 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIG1P18858 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIG1P18858 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIG1P18858 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIG1P18858 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIG1P18858 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIG1P18858 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms