Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
COL6A3P12111 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL6A3P12111 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms